Expedice do Jižní Ameriky
přesvědčení, vyrostl v Humboldt, že jeho skutečným cílem v životě je vědecké zkoumání, a v roce 1797 odstoupil ze své funkce k získání s velkou cílevědomost důkladné znalosti systémů pro geodetické, meteorologická a geomagnetická měření. Politické otřesy způsobené napoleonskými válkami zabránily realizaci několika vědeckých expedic, na nichž Humboldt dostal příležitost k účasti. Nakonec, zděšen jeho zklamáním, ale odmítl být odrazen od jeho účelu, získal povolení od španělské vlády k návštěvě španělských kolonií ve střední a Jižní Americe. Tyto kolonie byly pak přístupné pouze španělským úředníkům a římskokatolické misii. Zcela uzavřeni od vnějšího světa nabídli vědeckému Průzkumníkovi obrovské možnosti. Humboldt sociální postavení ho ujistil, přístup oficiálních kruhů, a španělský premiér Mariano de Urquijo našel osvícený muž, který podporoval jeho žádost, aby král na královské povolení. V létě roku 1799 vyplul z Marseille doprovodu francouzský botanik Aime Bonpland, koho on se setkal v Paříži, pak nejživější vědecké centrum v Evropě. Majetek, který zdědil po smrti své matky, umožnil Humboldtovi financovat expedici zcela z vlastní kapsy. Humboldt a Bonpland strávil pět let, v letech 1799 až 1804, ve Střední a Jižní Americe, pokrývající více než 6000 kilometrů (9,650 km) pěšky, na koni a na kánoích. Byl to život velké fyzické námahy a vážné deprivace.
od Caracasu, cestovali na jih přes louky a křovinaté porosty, dokud oni dosáhli břehu Apure, přítok Řeky Orinoco. Pokračovali v cestě po řece kánoí až k Orinoco. Po jeho kurzu a Casiquiare, je prokázáno, že Řeka Casiquiare tvořil spojení mezi obrovské říční systém Amazonky a Orinoka. Tři měsíce se Humboldt a Bonpland pohybovali hustými tropickými lesy, trýznili mraky komárů a dusili vlhkým teplem. Jejich ustanovení byla brzy zničena hmyzem a deštěm; nedostatek potravin vyhnali jsme je museli živit na zemi-divoké kakaové boby a říční vody. Přesto oba cestující, nadnášená vzrušení poskytována nové a ohromující dojmy, zůstal zdravý a v dobré náladě až do jejich návratu do civilizace, když podlehl vážné záchvat horečky.
po krátkém pobytu na Kubě se Humboldt a Bonpland vrátili do Jižní Ameriky za rozsáhlým průzkumem and. Z Bogoty do Trujillo v Peru putovali po Andské Vysočině-po trase, kterou nyní prochází Panamerická dálnice, ve své době řada strmých, skalnatých a často velmi úzkých cest. Vystoupali počet vrcholů, včetně všech sopek v okolí Quito, Ekvádor; Humboldt je výstup na Chimborazo (20,702 nohy ) do výšky 19,286 nohy (5,878 metrů), ale krátké summitu, zůstal svět, horolezectví záznam pro téměř 30 let. Všechny tyto úspěchy byly prováděny bez pomoci moderního horolezeckého vybavení, bez lan, maček nebo zásob kyslíku; Humboldt a Bonpland proto trpěli horskou nemocí. Ale Humboldt otočil své nepohodlí ve prospěch: stal se prvním člověkem, který připisoval horskou nemoc nedostatku kyslíku ve vzácném vzduchu velkých výšek. Studoval také oceánský proud u západního pobřeží Jižní Ameriky, který byl původně pojmenován po něm, ale nyní je známý jako Peru proud. Když dvojice přišla, opotřebované a footsore, v Quito, Humboldt, zkušený horal a neúnavný sběratel vědeckých údajů, nemá žádné potíže za předpokladu, že roli dvořana a mužem světa, když byl přijat místokrál a představitelé španělské společnosti.
na jaře roku 1803, dva cestující se plavil z Guayaquil do Acapulco, Mexiko, kde strávil poslední rok svého expedice v těsné studium tohoto většině vyspělých a vysoce civilizované součástí španělské kolonie. Po krátkém pobytu ve Spojených státech, kde byl Humboldt přijat U. S. Pres. Thomas Jefferson, odpluli do Francie.
Humboldt a Bonpland se vrátili s obrovským množstvím informací. Kromě rozsáhlé sbírky nové rostliny, byly tam stanovení délky a šířky, měření složek Zemské geomagnetické pole, a denní pozorování teploty a barometrického tlaku, jakož i statistické údaje o sociální a ekonomické podmínky Mexiku. Kdykoli se Humboldt ocitl v obchodním centru v Americe, poslal zprávy a duplikáty svých sbírek svému bratrovi, Wilhelm, který se stal známým filologem, a francouzským vědcům; naneštěstí kontinentální blokáda, kterou pak prosadily britské lodě, zabránila větší části jeho pošty v dosažení cíle.