může se objevit dočasná suchost nosu a krku, podráždění, krvácení nebo nepříjemná chuť nebo zápach. Perforace nosní přepážky je hlášena zřídka. Byly hlášeny vzácné, ale lokalizované infekce nosu a hltanu Candida albicans a dlouhodobé užívání může zvýšit pravděpodobnost katarakty nebo glaukomu.

flunisolid nosní sprej se vstřebává do oběhového systému (krve). Kortikosteroidní nosní spreje mohou u lidí ovlivnit funkci osy hypotalamus-hypofýza-nadledviny. Po dosažení požadovaného klinického účinku by měla být udržovací dávka snížena na nejmenší množství nezbytné pro kontrolu příznaků, které mohou být až 1 sprej do každé nosní dírky denně. Použití minimální účinné dávky sníží možnost vedlejších účinků. Doporučená množství intranazálních kortikosteroidů obecně nejsou spojena se systémovými vedlejšími účinky.

kortikosteroidy inhibují hojení ran. Proto, použití kortikosteroidy nosní spreje u pacientů, kteří zažili poslední nosní septa vředy, opakující se krvácení z nosu, nosní operaci nebo úraz, nosní kortikosteroidy by měl být používán s opatrností, dokud nedojde ke zhojení. V těhotenství jsou doporučené dávky intranazálních kortikosteroidů bezpečné a účinné.