týdny po útoku na Pearl Harbor, Marshall přidělen Clark dva úkoly, které by mohly mít vliv na rozhodnutí o věznění všech Japonských Američanů na Západním Pobřeží. V obou případech byly jeho závěry, které přímo či nepřímo oponovaly vyloučení, do značné míry ignorovány. V první řadě, Marshall poslal Clark navštívit Západní Velení Obrany v reakci na její velitel, Generál John DeWitt ‚s call pro více vojáků, s nimiž se bránit Západním Pobřeží. Po pěti dnech studia, hlásil Marshallovi Jan. 27, 1942, že označení“ divadlo operací “ (stanoveno na prosinec. 11) bude odstraněn z taktických důvodů, protože „vše, co je potřeba chránit Západní Pobřeží je funkční command s posláním bránit pobřežní hranice proti letecké a námořní povrchu nájezdy.“DeWitt a armádní Provost maršál generál Allen Gullion namítali, z velké části proto, že taková akce by ohrozila jejich úsilí o odstranění všech japonských Američanů ze západního pobřeží.

o několik dní později, v únoru. 3, vypovídal před sněmovním senátním výborem na obranu západního pobřeží, kterému předsedal sen. Rufus Holman z Oregonu. Spolu s Náčelníkem Námořních Operací Harold Stark uvedl, že „invaze úsilí bylo vyloučeno“, a že největší nepřítel byl schopen by být „, aby mohl mít ponorka hodit pár granátů do nějaké město, které by bylo zbytečné operace z hlediska praktických výsledků.“Jeho odmítnutí možnosti japonské invaze na západní pobřeží bylo v souladu se zprávami armádní zpravodajské služby a zdánlivě podkopalo jednu z hlavních důvodů pro masové vyloučení japonských Američanů.

Clarkovým druhým a souvisejícím úkolem bylo prozkoumat, co by se mělo dělat s japonskými Američany na západním pobřeží z pohledu vojenského plánovače. Začátkem února 1942 dospěl k závěru, že masové odstranění japonských Američanů, které navrhl DeWitt a jeho poradci, bylo neuvážené a „vyjádřilo nedůvěru“ , když ho DeWitt 12.února informoval o těchto plánech. S odvoláním na síly požadavky na armádu v hromadné odstranění scénář—on věřil, že 10.000 až 15.000 vojáků by bylo zapotřebí hlídat jen uvězněn cizí skupina—on argumentoval místo pro identifikaci „kritických zařízení“ mají být chráněny tím, že vystěhovává nepřátelské mimozemšťany kolem jejich obvodu. Doporučil také, aby „vůdci prstenů a podezřelí byli internováni liberálně“ a také časté razie a kontrapropaganda. Ale jeho více odůvodněný návrh přišel pozdě, jako drakonická hromadné odstranění scénář už byl schválen Prezidentem a ministrem Války Henry Stimson , ani jeden z nich se zeptal na názory Generálů Clark nebo Marshall.

v lednu 1943 byl generálporučík Clark jmenován velitelem páté armády a vedl spojeneckou ofenzívu v Itálii. Mezi vojáky pod jeho velením byl 100. pěší prapor, tvořený japonskými Američany z Hawai ‚ i. Eisenhower, Clark vzal dobrovolně a brzy se stal jejich „většina nadšených fanoušků,“ cituje jejich „účinnost“ a „rychlé reakce na nepřátelské opozice“ v jejich prvním střetnutí s nepřítelem. Ve své autobiografii připomněl, že 100.byl“… jeden z nejcennějších aktiv v páté armádě“ a že “ bojovali velkolepě po celou italskou kampaň.““Nisei vojska se zdálo být velmi dobře vědomi skutečnosti, že oni měli příležitost prokázat loajalitu mnoha tisíc Američanů Japonského původu,“ dodal, „a oni ochotně zaplatil vysokou cenu k dosažení tohoto cíle. Byl jsem hrdý na to, že je mám v páté armádě.“

Více než Clark námitky, 100. a 442 Plukovní Bojový Tým (který včlenil 100) byly převedeny do Francie na pomoc vzít Vosges Hory v září roku 1944. Ve snaze zabránit tomuto, on navrhl, že Marshall 100 být oddělen od 442 a zůstat s ním, zatímco 442 by byl poslán do Francie, a tvrdí, že publicita účinky by se násobí v takové situaci. „Je pro mě těžké zveličovat jízdu, kterou jsem zažil, když jsem měl 100.prapor pěchoty v páté armádě,“ napsal jim v dopise na rozloučenou. „Chci vám vyjádřit své upřímné uznání za vynikající práci, kterou jste odvedli, a přeji vám mnoho úspěchů ve vašich nových podnicích.“Později, v dubnu 1945, 442 vrátil do Itálie a sloužil pod Clark—který byl nyní velitelem Patnácté Armády Skupiny velení všech Spojeneckých sil v Itálii—pro zbytek války. Clark přijal německou kapitulaci Itálie 2.