„Možnost byla I ere já jsem viděl Elba“: tento poněkud bombastické prohlášení je palindrom věty, jinými slovy to čte úplně stejně dopředu jako dozadu. Začátek revoluce CRISPR byl poznamenán objevem velkého počtu opakovaných palindromických sekvencí v oblasti bakteriální DNA. V těchto sekvencí písmen genetického kódu, čtyři základní molekuly adeninu, cytosinu, thyminu a guaninu, které jsou seřazeny tak, že mají stejné pořadí jako druhý komplementární DNA-vlákna – v tomto případě číst v opačném směru. To je vlastnost, která dává CRISPR (seskupené pravidelně prokládané krátké palindromické opakování) jeho název zkroucení jazyka.

na Rozdíl od slovo palindromes jako ‚občanská‘ a ‚princip‘, které mají význam, palindromes v genetice slovníku nemají smysl a nemůže být přeloženy do funkčních proteinů. Přesto nejsou zcela bezvýznamné. DNA-řezání proteiny často používají palindrom sekvence jako uznání sekvence, na níž je snížit molekuly DNA. Tyto sekvence mohou být dlouhé čtyři, šest nebo osm párů bází, i když některé řezné proteiny vyžadují 20 nebo více párů bází.

z palindromických sekvencí oblasti CRISPR jsou transkribovány molekuly RNA, které přijímají velmi stabilní uspořádání (sekundární strukturu). Pohybují se mezi 23 a 47 párů bází na délku. Mezi těmito sekvencemi lze nalézt proměnné oblasti podobné délky. Pocházejí z genomu cizí DNA, která pronikla do bakteriální buňky, a jsou také známé jako spacerová DNA.

oblast CRISPR zahrnuje promotor, který zajišťuje, že oblast CRISPR může být přečtena a přeložena do CRISPR-RNA (crRNA). Další geny známé jako geny spojené s CRISPR (Cas) jsou umístěny vedle něj. Tyto geny poskytují plán pro proteiny Cas-jmenovitě enzymy, které řezají řetězec DNA. Za sekvencemi CRISPR a spacer následuje oblast pro molekulu RNA známou jako tracrRNA, která vede řezné molekuly a crRNA k jejich cílovým místům na virové DNA.