po své hráčské kariéře zůstala Renteria v baseballu. Jeho první manažerská práce v menší lize byla v roce 1998 u Brevard County Manatees v Organizaci Marlins. V systému Marlins pokračoval až do roku 2001. V roce 2003 byl jmenován trenérem úderů pro Lake Elsinore Storm v Organizaci Padres a v roce 2004 se stal manažerem Storm. Po třech sezónách s the Storm byl v roce 2007 přesunut do Triple-A Portland Beavers. V roce 2008 byl povýšen na pozici hlavního trenéra ligy.

Renteria přešla na pozici trenéra lavičky Padres pro rok 2011. Vedl také mexický národní baseballový tým v roce 2013 World Baseball Classic. 7. Listopadu 2013 byla Renteria najata jako manažer Chicago Cubs. Po jedné sezóně v práci byl ukončen 31. října 2014, týden poté, co se jeho nástupce Cubs Joe Maddon odhlásil ze smlouvy s Tampa Bay Rays.

pro sezónu 2016 byla Renteria najata Chicago White Sox, aby sloužila jako jejich trenér na lavičce.

pro sezónu 2017 nahradila Renteria manažera White Sox Robina Venturu. Renteria byla druhým manažerem v historii baseballu v Chicagu, po Johnnym Eversovi, řídit obě franšízy města. V roce 2017 byl sedmkrát vyhozen, více než kterýkoli jiný manažer v první lize. V roce 2020 vzal White Sox do play-off poprvé od roku 2008. Prohráli v sérii divokých karet v 3 hry na Oakland Athletics. V říjnu 12, White Sox oznámil, že se Renteria nevrátí jako manažer, ukončení jeho funkčního období s týmem zbývá jeden rok na jeho smlouvě. Jeho celkový rekord ve čtyřech sezónách s Sox byl 236-309.