konflikter med Philip IV fra Frankrig
Philip IV modvirkede eller endog forhindrede offentliggørelsen af Clericis laicos med en ordre, der forbyder al eksport af penge og værdigenstande fra Frankrig og med udvisning af udenlandske købmænd. Selvom disse foranstaltninger var en alvorlig trussel mod pavelige indtægter, ville de alene sandsynligvis ikke have tvunget Boniface til de vidtrækkende indrømmelser, som han måtte give den franske konge inden for året, indrømmelser, der næsten udgjorde tilbagekaldelse af Clericis laicos. Nødvendigheden af at komme til udtryk var primært resultatet af et oprør mod Boniface af en del af Colonna-familien, en magtfuld anti-pavelig romersk familie, der omfattede to kardinaler, der kulminerede i væbnet røveri af en stor mængde pavelig skat i Maj 1297. Et år med militær handling mod Colonna fulgte, som sluttede med deres ubetingede overgivelse. De blev fritaget for ekskommunikation, men blev ikke genindført i deres kontorer og ejendele. De gjorde derfor oprør igen og flygtede; nogle af dem gik til Philip, med hvem de måske havde konspireret, selv før spørgsmålet om Clericis laicos.
I November 1302 havde Boniface udsendt en endnu mere grundlæggende erklæring om pavedømmets stilling i den kristne verden, tyren Unam sanctam (“en hellig”), som er blevet den mest kendte af alle pavelige dokumenter fra middelalderen på grund af dens angiveligt radikale og ekstreme formulering af indholdet af det pavelige Kontor. Tyren som helhed er faktisk en stærk, men ikke en ny påkaldelse af det åndelige overherredømme over den tidsmæssige magt. Ikke desto mindre er den gamle Gelasiske doktrin om, at begge magter er forskellige og begge er fra Gud, tydeligt angivet, og i den sidste dogmatiske sætning taler paven ikke om den tidsmæssige magt, men om den menneskelige skabning som genstand for den pavelige magtfuldhed, underkastelse, som siges at være nødvendig for frelse.i mellemtiden i Frankrig havde Philip IVS rådmand Guillaume de Nogaret indtaget flot plads som leder af en aktivt anti-pavelig kongelig politik. Philip blev støttet i denne politik af andre fjender af paven, herunder legaten, som Boniface havde sendt til Frankrig i disse kritiske måneder, og som forrådte sin herre, den franske kardinal Jean Lemoine (Johannes Monachus). Mange uberettigede beskyldninger mod Boniface, lige fra ulovlig indrejse i det pavelige kontor til kætteri, blev rejst mod ham på et hemmeligt møde mellem kongen og hans rådgivere, der blev afholdt i Louvre i Paris; disse beskyldninger skulle tages op og uddybes senere under den postume retssag mod paven forfulgt af Philip IV. Kort efter Louvre-mødet, hvor Nogaret havde krævet fordømmelse af paven af et generelt råd for kirken, tog Nogaret til Italien for om muligt at skabe oprør mod paven.