Sort habanero er et alternativt navn, der ofte bruges til at beskrive den mørkebrune sort chokolade habanero chilis (selvom de er lidt forskellige, er lidt mindre og lidt mere kugleformede). Nogle frø er fundet, som menes at være over 7.000 år gamle. Den sorte habanero har en eksotisk og usædvanlig smag og er varmere end en almindelig habanero med en rating mellem 425.000 og 577.000 Scoville enheder. Små skiver, der bruges til madlavning, kan have en dramatisk effekt på den samlede skål. Chokolade habaneros tager betydeligt længere tid at vokse end andre habanero chili Sorter. I tørret form kan de konserveres i lange perioder og kan rekonstitueres i vand og derefter tilsættes til sauceblandinger. Tidligere kendt som habanero negro, eller ved deres Nahuatl-navn, blev deres navn oversat til engelsk af krydderihandlere i det 19.århundrede som “black habanero”. Ordet ” chokolade “stammer fra Nahuatl-ordet, og blev også brugt i beskrivelsen (som” chocolate habanero”), men det viste sig at være uudtaleligt for de britiske handlende, så det blev simpelthen navngivet”black habanero”.