midlertidig tørhed i næse og hals, irritation, blødning eller ubehagelig smag eller lugt kan forekomme. Perforering af næseseptum rapporteres sjældent. Sjældne, men lokaliserede infektioner i næse og svælg med Candida albicans er rapporteret, og langvarig brug kan øge risikoen for grå stær eller glaukom.

flunisolid næsespray absorberes i kredsløbssystemet (blod). Corticosteroid næsespray kan påvirke hypothalamus-hypofyse-binyrens aksefunktion hos mennesker. Når den ønskede kliniske effekt er opnået, skal vedligeholdelsesdosis reduceres til den mindste mængde, der er nødvendig for at kontrollere symptomer, som kan være så lav som 1 spray i hver næsebor om dagen. Ved hjælp af den minimale effektive dosis vil reducere muligheden for bivirkninger. Anbefalede mængder intranasale kortikosteroider er generelt ikke forbundet med systemiske bivirkninger.kortikosteroider hæmmer sårheling. Brug af kortikosteroid næsespray hos patienter, der har oplevet nylige næseseptumsår, tilbagevendende næseblod, næseoperation eller traume, bør et nasal kortikosteroid anvendes med forsigtighed, indtil heling er sket. Under graviditet er anbefalede doser af intranasale kortikosteroider sikre og effektive.