området omkring salt søen er ikke beboet, men der er noget hyrde og noget sæsonbestemt dyrkning. Trusler mod saltholdighedsbalancen fra øget tilstrømning af silt kommer fra mere forventet skovhugst i Natron-vandområder og et planlagt vandkraftværk på Elvaso Ng ‘ Iro over grænsen i Kenya. Selvom udviklingsplaner inkluderer opførelse af et diget i den nordlige ende af søen for at indeholde ferskvandet, kan truslen om fortynding til denne yngleplads stadig være alvorlig. Der er ingen formel beskyttelse.
en ny trussel mod Lake Natron er den foreslåede udvikling af en sodavand på sine kyster. Anlægget pumpede vand fra søen og ekstraherede natriumcarbonatet for at konvertere til vaskepulver til eksport. Ledsagelse af anlægget ville være boliger til over 1000 arbejdere og et kulfyret kraftværk til at levere energi til anlægskomplekset. Derudover er der en mulighed udviklerne kan indføre en hybrid saltlage rejer at øge effektiviteten af udvinding.
ifølge Chris Magin, RSPB ‘ s internationale officer for Afrika, “chancen for, at de mindre flamingoer fortsætter med at avle i lyset af de sådan kaos er ved siden af nul. Denne udvikling vil efterlade mindre flamingoer i Østafrika over for udryddelse”. Femoghalvfjerds procent af verdens mindre flamingoer er født på Lake Natron. I øjeblikket kører en gruppe på mere end halvtreds østafrikanske bevarings-og miljøinstitutioner en verdensomspændende kampagne for at stoppe den planlagte opførelse af sodafabrikken af Tata Chemicals Ltd i Mumbai, Indien og National Development Corporation. Gruppen, der arbejder under paraplynavnet Lake Natron Consultative Group, koordineres af Ken Mvathe, Conservation Programme Manager hos BirdLife Internationals Afrika-sekretariat.i henhold til meddelelsen fra juni 2008 skal Tata Chemicals ikke fortsætte med Natron-projektet, og yderligere revurdering af dette projekt vil være underlagt Ramsar-Vådområdeplanen, som i øjeblikket er under udarbejdelse.
på grund af sin unikke biodiversitet udnævnte landet Lake Natron Basin til Ramsar-listen over vådområder af International betydning den 4.juli 2001. Søen er også Verdensnaturfonden Østafrikansk halofytik økoregion.