i uger efter angrebet på Pearl Harbor tildelte Marshall Clark to opgaver, der kunne have haft indflydelse på beslutningen om at fængsle alle japanske amerikanere på vestkysten. I begge tilfælde blev hans konklusioner, der direkte eller indirekte modsatte sig udelukkelse, stort set ignoreret. I første omgang sendte Marshall Clark for at besøge den vestlige Forsvarskommando som svar på dens øverstbefalende, General John Duvitts opfordring til flere tropper til at forsvare Vestkysten. Efter fem dages undersøgelse, han rapporterede til Marshall Den Jan. 27, 1942, at betegnelsen “operationsteater” (indstillet den Dec. 11) fjernes af taktiske grunde, da “alt, hvad der er nødvendigt for at beskytte vestkysten, er en funktionel kommando med den mission at forsvare kystgrænsen mod luft-og flådeangreb.”General Allen Gullion protesterede, for en stor del, fordi en sådan handling ville bringe deres bestræbelser på at fjerne alle japanske amerikanere fra vestkysten i fare.

et par dage senere, den Feb. 3, vidnede han for et hus-senatudvalg om forsvar af vestkysten ledet af Sen. Rufus Holman af Oregon. Sammen med Chief of Naval Operations Harold Stark erklærede han, at “en invasionindsats var ude af spørgsmålet”, og at det mest, som fjenden var i stand til, ville være “muligvis at få en ubåd til at kaste et par skaller ind i en by, hvilket ville være en nytteløs operation set ud fra praktiske resultater.”Hans afvisning af muligheden for en japansk invasion af vestkysten var i overensstemmelse med rapporter fra hærens efterretningstjeneste og tilsyneladende underbød en af de vigtigste rationaler for masseudelukkelse af japanske amerikanere. Clarks anden og relaterede opgave var at undersøge, hvad der skulle gøres med japanske amerikanere på vestkysten fra en militærplanlæggers perspektiv. I begyndelsen af februar 1942 var han kommet til den konklusion, at massefjernelsen af japanske amerikanere, der blev foreslået af Duvitt og hans rådgivere, var dårligt rådgivet og “udtrykte vantro”, da Duvitt informerede ham om disse planer den 12.februar. Med henvisning til arbejdskravene til hæren i et massefjernelsesscenarie—han mente, at 10.000 til 15.000 soldater ville være forpligtet til kun at beskytte den fængslede fremmede gruppe—argumenterede han i stedet for at identificere “kritiske installationer”, der skulle beskyttes ved at udvise fjendtlige udlændinge omkring deres omkreds. Han anbefalede også, at “ringledere og mistænkte skulle interneres liberalt” og også hyppige angreb og counterpropaganda. Men hans mere begrundede forslag kom for sent, da det mere drakoniske massefjernelsesscenarie allerede var blevet godkendt af præsidenten og Krigssekretæren Henry Stimson , hvoraf ingen spurgte udtalelser fra generalerne Clark eller Marshall. i januar 1943 blev generalløjtnant Clark udnævnt til øverstbefalende for den femte hær og førte den allierede offensiv i Italien. Blandt soldaterne under hans kommando var den 100. infanteribataljon, der bestod af japanske amerikanere. Clark tog dem villigt på og blev snart deres” mest entusiastiske tilhænger “med henvisning til deres” effektivitet “og” hurtige reaktion på fjendtlig modstand ” i deres indledende møder med fjenden. I sin selvbiografi mindede han om, at den 100.var”… en af de mest værdifulde aktiver i den femte hær” og at de “kæmpede storslået gennem hele den italienske kampagne.””Nisei-tropperne syntes at være meget bevidste om, at de havde mulighed for at bevise loyaliteten hos mange tusinder af amerikanere af japansk herkomst,” tilføjede han, “og de betalte villigt en høj pris for at nå dette mål. Jeg var stolt over at have dem i den femte hær.”

Over Clarks indvendinger blev det 100.og 442. Regimentskamphold (som inkorporerede det 100.) overført til Frankrig for at hjælpe med at tage Vogeserne i September 1944. I et forsøg på at forhindre dette foreslog han Marshall, at den 100.blev afbrudt fra den 442. og forblev hos ham, mens den 442. ville blive sendt til Frankrig og argumenterede for, at reklameeffekterne ville blive multipliceret i et sådant scenario. “Det er svært for mig at overdrive den tur, jeg har oplevet med at have den 100.infanteribataljon i den femte hær,” skrev han dem i et afskedsbrev. “Jeg vil gerne udtrykke min oprigtige påskønnelse for det fremragende arbejde, du har gjort, og ønsker dig al held og lykke i dine nye virksomheder.”Senere, i April 1945, vendte den 442.tilbage til Italien og tjente under Clark—som nu var kommandør for den femtende hærgruppe med ansvar for alle allierede styrker i Italien—resten af krigen. Clark overtog den tyske overgivelse af Italien den 2. maj.