“stand var jeg ere jeg så Elba”: denne temmelig bombastiske erklæring er en palindrom sætning, med andre ord læser den nøjagtigt det samme fremad som det gør baglæns. Begyndelsen af CRISPR-revolutionen var præget af opdagelsen af et stort antal gentagne palindromiske sekvenser i en region af bakterielt DNA. I disse sekvenser ordnes bogstaverne i den genetiske kode, de fire basismolekyler adenin, cytosin, thymin og guanin, således at de har samme rækkefølge som den anden komplementære DNA-streng – i dette tilfælde læses i modsat retning. Dette er den egenskab, der giver CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) sit tungevridende navn.

I modsætning til ordpalindromer som ‘civic’ og ‘tenet’, som har en betydning, giver palindromerne i genetics dictionary ikke mening og kan ikke oversættes til funktionelle proteiner. Ikke desto mindre er de ikke helt meningsløse. DNA-skærende proteiner bruger ofte palindromsekvenser som genkendelsessekvenser, hvor de skærer DNA-molekylet. Disse sekvenser kan være fire, seks eller otte basepar lange, selvom nogle skæreproteiner kræver 20 eller flere basepar.

ud af de palindromiske sekvenser af CRISPR-regionen transkriberes RNA-molekyler, som vedtager et meget stabilt arrangement (sekundær struktur). De spænder mellem 23 og 47 basepar i længden. Variable regioner med lignende længde kan findes mellem disse sekvenser. De stammer fra genomet af fremmed DNA, der trængte ind i bakteriecellen, og er også kendt som spacer DNA. CRISPR-regionen indeholder en promotor, der sikrer, at CRISPR-regionen kan læses og oversættes til CRISPR-RNA (crRNA). Andre gener kendt som CRISPR-associerede gener (Cas) er placeret ved siden af det. Disse gener giver planen for CAS – proteinerne-nemlig de stoffer, der skærer DNA-strengen. CRISPR-og afstandssekvenserne efterfølges af en region for et RNA-molekyle kendt som tracrRNA, som styrer skæremolekylerne og crRNA til deres målplaceringer på virus-DNA ‘ et.