efter sin spillekarriere er Renteria forblevet i baseball. Hans første mindre liga ledelsesjob var i 1998 med Brevard County Manatees i Marlins organisation. Han fortsatte med at styre i Marlins-systemet indtil 2001. I 2003 blev han udnævnt til slagtræner for Lake Helsingør Storm i Padres-organisationen, og i 2004 blev han Stormens manager. Efter tre sæsoner med stormen blev han i 2007 flyttet op til Triple-A Portland Beavers. Han blev forfremmet til en Major league coaching job i 2008.

Renteria flyttede til at være Padres bench coach for 2011. Han ledede også Det Nationale baseballhold i 2013 verdens Baseball klassiker. Den 7.November 2013 blev Renteria ansat som manager for Chicago Cubs. Efter en sæson på jobbet blev han opsagt den 31.oktober 2014, en uge efter hans Cubs efterfølger Joe Maddon fravalgte sin kontrakt med Tampa Bay Rays.i 2016-sæsonen blev Renteria hyret af Chicago til at fungere som deres bænketræner.i 2017-sæsonen erstattede Renteria den hvide Sokkelchef Robin Ventura. Renteria var den anden manager i Chicago baseball historie, efter Johnny Evers, at styre både byens Franchise. I 2017 blev han kastet ud syv gange, mere end nogen anden manager i de store ligaer. I 2020 tog han den hvide sok til slutspillet for første gang siden 2008. De tabte i Joker-serien i 3 spil til Oakland Athletics. Den 12. oktober meddelte Det Hvide Hus, at Renteria ikke ville vende tilbage som manager og sluttede sin periode med holdet med et år tilbage på sin kontrakt. Hans samlede rekord i fire sæsoner var 236-309.