In Wochen nach dem Angriff auf Pearl Harbor, zugewiesen Marshall Clark zwei Aufgaben, die einen Einfluss auf die Entscheidung gehabt haben könnte, alle japanischen Amerikaner an der Westküste einzusperren. In beiden Fällen wurden seine Schlussfolgerungen, die sich direkt oder indirekt gegen den Ausschluss aussprachen, weitgehend ignoriert. In erster Linie, Marshall schickte Clark, um das Western Defense Command zu besuchen, als Reaktion auf seinen Kommandanten, General John Dewitts Forderung nach mehr Truppen zur Verteidigung der Westküste. Nach fünf Tagen des Studiums, er berichtete Marshall am Jan. 27, 1942 dass die Bezeichnung „Theater of Operations“ (eingestellt am Dez. 11) aus taktischen Gründen entfernt werden, da „alles, was zum Schutz der Westküste benötigt wird, ein funktionales Kommando ist, das die Küstengrenze gegen Luft- und Seeangriffe verteidigen soll.“ DeWitt und Armeeprovost Generalmarschall Allen Gullion widersprachen, zum großen Teil, weil eine solche Aktion ihre Bemühungen gefährden würde, alle japanischen Amerikaner von der Westküste zu entfernen.

Ein paar Tage später, am Feb. 3, er sagte vor einem House-Senate Committee on Defense of the West Coast unter dem Vorsitz von Sen. Rufus Holman aus Oregon. Zusammen mit dem Chef der Marineoperationen Harold Stark, Er erklärte, dass „eine Invasionsbemühung nicht in Frage kam“ und dass der Feind höchstens in der Lage wäre, „möglicherweise ein U-Boot ein paar Granaten in eine Stadt werfen zu lassen, was vom Standpunkt der praktischen Ergebnisse aus eine vergebliche Operation wäre.“ Seine Ablehnung der Möglichkeit einer japanischen Invasion der Westküste stimmte mit Berichten des Armeegeheimdienstes überein und untergrub scheinbar eine der Hauptgründe für den Massenausschluss japanischer Amerikaner. Clarks zweite und verwandte Aufgabe bestand darin, zu untersuchen, was mit japanischen Amerikanern an der Westküste aus der Sicht eines Militärplaners getan werden sollte. Anfang Februar 1942 war er zu dem Schluss gekommen, dass die von DeWitt und seinen Beratern vorgeschlagene Massenentfernung japanischer Amerikaner schlecht beraten war und „ungläubig“ war, als DeWitt ihn am 12. Februar über diese Pläne informierte. Unter Berufung auf die Personalanforderungen an die Armee in einem Massenentfernungsszenario — er glaubte, dass 10.000 bis 15.000 Soldaten erforderlich wären, um nur die inhaftierte außerirdische Gruppe zu bewachen — argumentierte er stattdessen dafür, „kritische Installationen“ zu identifizieren, die durch die Räumung feindlicher Außerirdischer in ihrem Umkreis geschützt werden sollten. Er empfahl auch, dass „Ringführer und Verdächtige großzügig interniert werden sollten“ und auch häufige Razzien und Gegenpropaganda. Sein begründeter Vorschlag kam jedoch zu spät, da das drakonischere Szenario der Massenentfernung bereits vom Präsidenten und Kriegsminister Henry Stimson genehmigt worden war , von denen keiner die Meinung der Generäle Clark oder Marshall einforderte.

Im Januar 1943 wurde nun Generalleutnant Clark zum Kommandeur der Fünften Armee ernannt und führte die alliierte Offensive in Italien an. Unter den Soldaten unter seinem Kommando befand sich das 100th Infantry Battalion, bestehend aus japanischen Amerikanern aus Hawaii. Zunächst von General Dwight D abgelehnt. Eisenhower, Clark nahm sie bereitwillig an und wurde bald ihr „enthusiastischster Unterstützer“, Unter Berufung auf ihre „Effizienz“ und „schnelle Reaktion auf feindliche Opposition“ in ihren ersten Begegnungen mit dem Feind. In seiner Autobiographie erinnerte er sich, dass der 100. “ war… eines der wertvollsten Vermögenswerte in der Fünften Armee“ und dass sie „während des gesamten italienischen Feldzugs großartig gekämpft haben.“ „Die Nisei-Truppen schienen sich der Tatsache sehr bewusst zu sein, dass sie die Gelegenheit hatten, die Loyalität vieler tausender Amerikaner japanischer Abstammung zu beweisen“, fügte er hinzu, „und sie zahlten bereitwillig einen hohen Preis, um dieses Ziel zu erreichen. Ich war stolz, sie in der Fünften Armee zu haben.“ Wegen Clarks Einwänden wurden die 100. und 442. Regimentskampfmannschaft (die die 100. umfasste) im September 1944 nach Frankreich verlegt, um bei der Einnahme der Vogesen zu helfen. Um dies zu verhindern, schlug er Marshall vor, die 100. von der 442. abzubrechen und bei ihm zu bleiben, während die 442. nach Frankreich geschickt würde, mit dem Argument, dass sich die Werbeeffekte in einem solchen Szenario vervielfachen würden. „Es fällt mir schwer, die Fahrt zu übertreiben, die ich erlebt habe, als ich das 100. Infanteriebataillon in der Fünften Armee hatte“, schrieb er ihnen in einem Abschiedsbrief. „Ich möchte Ihnen meine aufrichtige Wertschätzung für die hervorragende Arbeit ausdrücken, die Sie geleistet haben, und wünsche Ihnen viel Erfolg bei Ihren neuen Unternehmungen.“ Später, im April 1945, kehrte die 442. nach Italien zurück und diente unter Clark — der jetzt Kommandeur der Fünfzehnten Heeresgruppe war, die für alle alliierten Streitkräfte in Italien verantwortlich war — für den Rest des Krieges. Clark nahm die deutsche Kapitulation Italiens am 2. Mai.