viikkoja Pearl Harboriin tehdyn hyökkäyksen jälkeen Marshall antoi Clarkille kaksi tehtävää, jotka saattoivat vaikuttaa päätökseen vangita kaikki länsirannikon Amerikanjapanilaiset. Molemmissa tapauksissa hänen johtopäätöksensä, jotka suoraan tai välillisesti vastustivat syrjäytymistä, jätettiin suurelta osin huomiotta. Aluksi Marshall lähetti Clarkin vierailemaan läntisen Puolustusjohdon luona vastauksena sen komentajan, kenraali John DeWittin kehotukseen saada lisää joukkoja länsirannikon puolustamiseen. Viiden päivän opiskelun jälkeen hän raportoi Marshallille Jan-sivustolla. 27, 1942 että ”theater of operations” nimitys (asetettu jouluk. 11) poistetaan taktisista syistä, koska ”länsirannikon suojaamiseen tarvitaan vain toiminnallinen komento, jonka tehtävänä on puolustaa rannikon rajaa ilma-ja merivoimien pintahyökkäyksiä vastaan.”DeWitt ja armeijan Sotilaspoliisimarsalkka kenraali Allen Gullion vastustivat, suurelta osin, koska tällainen toiminta vaarantaisi heidän yrityksensä poistaa kaikki Amerikanjapanilaiset länsirannikolta.

muutamaa päivää myöhemmin, Helmikuuta. 3, hän todisti ennen House-senaatti komitean puolustus länsirannikon puheenjohtajana Sen. Rufus Holman Oregonista. Yhdessä laivasto-operaatioiden päällikön Harold Starkin kanssa hän totesi, että ”maihinnousuyritys ei tullut kysymykseen” ja että vihollinen pystyi korkeintaan siihen, että ”mahdollisesti sukellusvene heittäisi muutaman kranaatin johonkin kaupunkiin, mikä olisi käytännön tulosten kannalta turha operaatio.”Hänen kieltäytymisensä Japanilaisten maihinnousun mahdollisuudesta länsirannikolle oli yhdenmukainen armeijan tiedustelupalvelun raporttien kanssa ja ilmeisesti alitti yhden tärkeimmistä syistä Japanilaisten amerikkalaisten joukkokieltoon.

Clarkin toinen ja siihen liittyvä tehtävä oli tutkia, mitä länsirannikolla asuville japanilaisille amerikkalaisille tulisi tehdä sotasuunnittelijan näkökulmasta. Helmikuun alussa 1942 hän oli tullut siihen tulokseen, että DeWittin ja hänen neuvonantajiensa ehdottama Japanilaisamerikkalaisten joukkomuutto oli harkitsematonta ja ”ilmaisi epäuskoa”, kun DeWitt ilmoitti hänelle näistä suunnitelmista helmikuun 12. Vedoten armeijaan kohdistuviin työvoimavaatimuksiin joukkopakoskenaariossa-hän uskoi, että 10000—15000 sotilasta tarvittaisiin vartioimaan vain vangittua muukalaisryhmää-hän sen sijaan perusteli ”kriittisten laitosten” tunnistamista, jotta niitä suojeltaisiin häätämällä vihollisen muukalaisia ympäriltä. Hän myös suositteli, että” Ringin johtajat ja epäillyt internoitaisiin vapaamielisesti ” ja myös toistuvia ratsioita ja vastapropagandaa. Hänen perustellumpi ehdotuksensa tuli kuitenkin liian myöhään, sillä ankaramman joukkopoistoskenaarion oli jo hyväksynyt presidentti ja sotaministeri Henry Stimson, joista kumpikaan ei kysynyt kenraalien Clarkin tai Marshallin mielipiteitä.

tammikuussa 1943 nyt kenraaliluutnantti Clark nimitettiin viidennen armeijan komentajaksi ja hän johti liittoutuneiden hyökkäystä Italiaan. Hänen komennossaan oli muun muassa 100. jalkaväkipataljoona, joka koostui Hawai ’ iista tulleista japanilaisista amerikkalaisista. Eisenhower, Clark otti heidät mielellään vastaan ja pian heistä tuli heidän ”innokkain tukijansa” vedoten heidän ”tehokkuuteensa” ja ”nopeaan reaktioonsa vihamieliseen vastustukseen” heidän kohdatessaan vihollisen ensi kerran. Omaelämäkerrassaan hän muistutti, että 100… yksi viidennen armeijan arvokkaimmista varoista ”ja että he” taistelivat upeasti koko Italian sotaretken ajan.”Nisei-joukot näyttivät olevan hyvin tietoisia siitä tosiasiasta, että niillä oli tilaisuus todistaa monien tuhansien japanilaista syntyperää olevien amerikkalaisten uskollisuus”, hän lisäsi, ”Ja he maksoivat halukkaasti korkean hinnan tuon tavoitteen saavuttamisesta. Olin ylpeä saadessani heidät viidenteen armeijaan.”

Clarkin vastalauseiden vuoksi 100.ja 442. rykmentin taisteluryhmä (johon kuului 100. Rykmentti) siirrettiin Ranskaan auttamaan Vosgesin vuoriston valtaamisessa syyskuussa 1944. Estääkseen tämän hän ehdotti Marshallille, että 100. divisioona irtautuisi 442: sta ja jäisi hänen luokseen, kun taas 442: s lähetettäisiin Ranskaan, väittäen, että julkisuusvaikutukset moninkertaistuisivat tällaisessa skenaariossa. ”Minun on vaikea liioitella kokemaani kyytiä, kun minulla on 100.jalkaväkipataljoona viidennessä armeijassa”, hän kirjoitti heille jäähyväiskirjeessä. ”Haluan ilmaista teille vilpittömän arvostukseni siitä suurenmoisesta työstä, jonka olette tehneet, ja toivotan teille menestystä uusissa hankkeissanne.”Myöhemmin, huhtikuussa 1945, 442nd palasi Italiaan ja palveli Clarkin alaisuudessa-joka oli nyt viidestoista armeijaryhmän komentaja vastaten kaikista liittoutuneiden joukoista Italiassa-sodan loppuajan. Clark otti Saksan antautuessa Italian 2.toukokuuta.