真珠湾攻撃の数週間後、マーシャルはクラークに西海岸の日系アメリカ人全員を投獄する決定に影響を与えた可能性のある二つの任務を割り当てた。 どちらの場合も、直接的または間接的に排除に反対したという彼の結論はほとんど無視された。 最初のインスタンスでは、マーシャルは、その司令官、一般的なジョン-デウィット’西海岸を守るためにより多くの軍隊のための呼び出しに応答して、西部の防衛コマンドを訪問するクラークを送信しました。 五日の研究の後、彼は月にマーシャルに報告しました。 27,1942その”操作の劇場”指定(Decに設定されています. 11)戦術的な理由のために削除されます,以来、”西海岸を保護するために必要とされるすべては、空気と海軍の表面の襲撃から沿岸フロンティアを守る「デウィットと陸軍総長アレン・ガリオン元帥は、そのような行動が西海岸からすべての日系アメリカ人を取り除くための彼らの努力を危険にさらすであろうので、大部分は反対しました。

数日後、月に。 3、彼は上院議員が議長を務める西海岸の防衛に関する上院委員会の前に証言しました。 オレゴン州のルーファス-ホルマン。 海軍作戦部長ハロルド・スタークと共に、「侵略の努力は問題外であった」と述べ、敵ができることは「潜水艦がいくつかの砲弾をいくつかの都市に投げ込ませ、実用的な結果の観点から無駄な作戦になる可能性がある」ことであると述べた。「日本軍による西海岸への侵略の可能性についての彼の解任は、陸軍情報部からの報告と一致しており、日系アメリカ人の大量排除の主な理論的根拠の1つを過小評価しているように見えました。

クラークの第二の任務と関連する任務は、軍事プランナーの視点から西海岸の日系アメリカ人に何をすべきかを調査することでした。 1942年2月初旬までに、デウィットはデウィットとその顧問によって提案されている日系アメリカ人の大量排除は、2月12日にデウィットがこれらの計画を彼に知らせたときに、「不信感を表明した」という結論に達していた。 大規模な除去シナリオにおける軍のマンパワー要求を引用して—彼は10,000から15,000人の兵士が投獄された外国人グループだけを守るために必要とされると信じていた—彼は彼らの周囲の周りの敵の外国人を追い出すことによって保護されるべき”重要な設備”を特定するために代わりに主張した。 彼はまた、”リングの指導者と容疑者は自由に抑留されるべきである”と頻繁に襲撃と反プロパガンダを推奨した。 しかし、より厳格な大量除去のシナリオはすでに大統領と陸軍長官ヘンリー-スティムソンによって承認されていたので、彼のより合理的な提案は遅すぎた。

1943年、クラーク中将は第五軍の司令官に任命され、イタリアでの連合軍の攻撃を指揮しました。 彼の指揮下にあった兵士の中には、ハワイ出身の日系アメリカ人で構成された第100歩兵大隊がありました。 アイゼンハワー、クラークは彼らを喜んで連れて行き、すぐに彼らの”最も熱狂的な支持者”となり、敵との最初の遭遇で彼らの”効率”と”敵対的な反対に対する迅速な反応”を引用した。 彼の自伝の中で、彼は100番目が”だったことを思い出しました。.. 第五軍の中で最も貴重な資産の一つ”と彼らは”イタリアのキャンペーンを通じて見事に戦ったこと。”二世軍は、日系人の何千人ものアメリカ人の忠誠心を証明する機会があったという事実を非常に意識していたようでした”と彼は付け加えました。 私は彼らを第五軍に持っていることを誇りに思っていました。”

クラークの反対を受けて、第100連隊と第442連隊戦闘チーム（第100連隊を組み込んだ）は、1944年にヴォージュ山脈の奪取を支援するためにフランスに移された。 これを防ぐために、彼はマーシャルに第100連隊を第442連隊から切り離して彼と一緒にいることを提案し、第442連隊はフランスに送られ、宣伝効果はそのようなシナリオで乗算されると主張した。 “第五軍に第100歩兵大隊を持つことで経験した乗り心地を誇張することは困難です”と彼は別れの手紙に書いています。 “私はあなたにあなたが行っている素晴らしい仕事のための私の心からの感謝を表現し、あなたの新しい事業のすべての成功を願っています。 その後、1945年4月、第442連隊はイタリアに戻り、戦争の残りの期間、現在はイタリアのすべての連合軍を担当する第15軍グループの司令官であったクラークの下で勤務した。 クラークは5月2日にイタリアのドイツ降伏を宣言した。