다이어그램 접합의 개 발에서는 피그미는 오징어.위의 행은 오징어 팍스 -6 유전자의 추정 된 엑손-인트론 구조를 나타낸다. 화살촉은 오징어 종에서 확인 된 인트론을 보여줍니다. 정통 형태(499 금주 모임)는 가장 풍부하며 다른 오징어 종의 팍스 -6 유전자와 유사합니다. 이 경우,이 두 가지 변종 중 하나를 선택할 수 있습니다. 변형 2 와 3 은 태평양 표준시 도메인에 추가 엑손,엑손 6 을 가지고 있습니다. 변형(4)은 또한 피디디아와 고질환 도메인 사이의 링커 영역에서 20 개의 아미노산을 인코딩하는 추가 엑손(3)을 나타낸다.2012 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 1 일,2013 년 12 월 오징어 알은 전형적인 연체 동물 애벌레 단계없이 에피볼릭 위법과 직접 발달을 보여줍니다 17. 배아 눈은 배반포의 외부 경막 외에서 나타나며 18 단계 후에 구별 할 수 있으며 20 단계에서 망막 색소 침착이 시작됩니다. 렌즈는 단계 25 에 육안으로 보이는 투명한 지팡이 같이 구조로 나타납니다. 우리는 먼저 5 가지 변종을 모두 포함하는 엑손 2 를 대상으로하는 프라이머를 활용했습니다. 눈 소포 형성 전에 단계 16(그림 2 에이)에서 표현 했다. 아이팩스-6 의 발현 강도는 오징어 배아의 발달과 함께 점차적으로 상향 조절되었으며,안구는 시험 된 조직 중에서 가장 높은 발현 강도를 나타낸다. 다른 양양 동물에서 관찰 된 바와 같이,이팩스-6 의 정통 및 변형 형태는 근육 조직에서 현저하게 우울한 수준으로 표현되었다. 그런 다음 엑손 4 가 부족한 변형을 대상으로 프라이머를 사용했습니다(변형 1 과 3,그림 2 비). 프라이머는 16 단계 및 안구 조직에서 배아에서 낮은 수준의 변형 1 및 3 을 검출했습니다. 우리는 또한 엑손 6(변형 2 및 3,그림 2 기음)을 포함한 변형을 대상으로 프라이머를 사용했습니다. 16,25 단계의 배아뿐만 아니라 안구 및 시신엽에서 변형 2 와 3 이 발현되었음을 보여 주었다. 광 수용체 세포 및 렌즈의 형성이 단계 25 에서 배아에서 시작됨에 따라,엑손 6 을 포함한 변이체는 눈 발달에 기여할 수있다. 결과는 아이팩스-6 변종의 표현 패턴이 정통 아이팩스-6 의 표현 패턴과 크게 다르다는 것을 보여줍니다.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.피그미 오징어 팍스-6 변종의 발현.

식 레벨의 모든 IpPax-6 개(A),개없이 exon4(1 개 및 3)(B)및 변형을 포함 exon6(개 2 및 3)(C)었 정량화에 의해 실시간 RT-PCR 분석합니다. 단계 16(1.0)에 상대적인 각 신체 부위의 식 수준을 계산 하 고 이후 알파-튜 불린의 식 수준으로 정규화 했다. 수량화는 독립적으로 생성 된 다른 시디 나스에서 두 번 수행되었으며 기하학적 수단이 계산되었습니다. 이 축은 임의적입니다. 오류 막대는 표준 편차를 나타냅니다. (D–G)전체 마운트 현장에서 교 잡 분석 anti-sense RNA 프로브 IpPax-6exon2(D,F)및 IpPax-6exon4(E,G). 5 개의 변종을 모두 대상으로 하는 엑손 2 에서 설계 된 프로브는 단계 22(디)및 단계 25(에프)에서 배아의 뇌 영역에 걸쳐 팍스-6 식을 보여 주었다. 엑손 2 에서 설계된 프로브는 또한 눈 주위의 팍스-6 발현을 나타냅니다(디’,측면도). 엑손 4 표적화 변이체뿐만 아니라 변형 형태 2 및 4 에서 설계된 아르 자형 프로브는 눈 주위의 조직을 제외하고 엑손 2 를 표적화하는 프로브와 유사한 발현 패턴(예:)을 보였다. 이 결과는 엑손 4 삭제가있는 변종(변종 1 및 3)이 다른 변종(화살촉)과 비교하여 눈 주위의 조직에서 특정 국소화를 나타냄을 시사합니다. 스케일 바,10.각 단계에서 어떤 변종이 존재하는지 구별하기 위해 엑손 경계를 넘어 프라이머 세트를 활용했습니다. 변형 1 은 모든/일부 배아 단계에서 표현되지만 성인 눈에는 표현되지 않는 것으로 간주되었습니다(보충 그림 2). 또한 변형 4 는 성인 눈,특히 망막에서 강하게 표현되었지만 렌즈에서는 표현되지 않았습니다(보충 그림 2 에이). 변이체 2 와 3 은 모든 배아 단계와 성인 조직에서 발현되었다(보충 그림 2 비).각 변종에 특별히 결합 하도록 설계 된 프로브를 사용 하 여 현장 하이브리드 화에서 수행 합니다(그림 2 차원–지). 엑손 2 에서 설계 된 프로브는이 연구에서 확인 된 모든 5 개의 변종을 대상으로 합니다. 엑손 4 에서 설계된 프로브는 본격적인 형태와 변형 2 및 4 에 바인딩됩니다. 하트만 등에 기술된 바와 같이,이팩스-6 은 등쪽 기저 엽,상 전두엽,꽃자루/후각 엽 및 시신엽(그림 2)을 포함하여 뇌 영역에 국한된 것으로 밝혀졌다.18 망막 외부 조직(아마도 미래의 홍채 층)도 22 단계에서 아이 팩스-6 을 명확하게 표현했습니다(그림 2 차원 및 2 차원’). 아이팩스-6 발현은 25 단계까지 이 층에서 관찰되었다. 엑손 4 를 대상으로 하는 프로브를 활용한 현장 하이브리드 화는 변형 2 와 4 가 뇌에서 유사한 발현 패턴을 가졌지 만 눈에는 그렇지 않다고 제안했습니다(그림 2 이자형). 이 발견은 변형 1 과 3(엑손 4 부족)이 눈의 바깥층에서 상향 조절된다는 것을 암시합니다. 이러한 결과는 각 아이 팩스 -6 변종이 눈 형성 과정에서 독립적으로 조절된다는 것을 의미합니다.우리는 이러한 유형의 대체 접합이 대장 두족류에서만 획득되었는지 여부를 조사했습니다. 우리는 눈에 대체 접합(엑손 4 건너 뛰기,엑손 3 삽입 및 엑손 6 삽입)에서 파생 된 세 가지 유형의 미르 나스를 발견했습니다(그림 3 에이,비). 삽입된 엑손 3 및 6 은 각각 20 및 40 개의 아미노산을 인코딩하는 반면,건너뛴 엑손 4 는 51 개의 아미노산을 인코딩한다. 다른 연체 동물 게놈에서 유사한 대안 접합의 존재를 조사,우리는 올빼미 절름발이와 진주 굴에서 팍스-6 의 엑손 인트론 구조를 조사했다. 이 유전체 서열의 전체 유전체 서열(로티아 기간테아,로티아 게놈 포털 로티아 버전 1.0 에서 획득)19 및 진주 굴(핀타다 푸카타,오이스트 해양 유전체학 단위 게놈 브라우저에서 획득).1,스캐 폴드 8418.1)20 은 연체 동물 팍스-6 이 5 개의 엑손을 가지고 있음을 보여주었습니다. 오징어의 엑손 4 는 테스트 된 연체 동물 종에 걸쳐 보존되었습니다. 그러나 엑손 3 과 5 는 진주 굴 팍스 -6 유전자에서 발견되지 않았다. 따라서,우리는 변형 형태 2 와 4 가 대장 두족류 혈통에서 획득되었다는 것을 발견했다(그림 1).2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월피그미 오징어와 일본 스피어 오징어의(가)엑손 3 및(비)엑손 6 의 정렬 된 뉴클레오티드 서열. 비교 모델링에 사용되는 고질환의 번역된 아미노산 서열의 정렬(기음). 아이팩스-6 의 변형 1 과 3 은 헬릭스 1 의 일부가 없다. 상 동성 모델링에 의해 얻어지는 접합 된 고질량의 3 차원 구조(디,디’). 녹색 막대기는 이팩스-6 의 단백질을 나타내고 회색 공은 표적 유전자 분자를 나타냅니다. 점선 원은 엑손 4 의 삭제에 의해 손실 된 헬릭스 1 의 부분을 나타냅니다.우리의 지식을 최대한 활용하기 위해,우리의 연구는 배아 단계에 따라 다르게 표현 된 오징어 팍스-6 의 프레임 내 접합 변형을보고 한 최초의 연구입니다. 이전 연구 다른 오징어 종 15,18,피 디디 도메인의 엔 터미널 절반을 잃 었 스 플라이 싱 변종의 분리 된 유형을 격리 하지만 이러한 변종 식에 공간적-시간적 차이 표시 하지 않았다. 우리의 연구는 또한 대안 접합에 의해 팍스-6 성적 증명서의 변이의 인수를 기본 메커니즘 고유 인수 된 콜레 로이드 두족류 계보,낮은 연체 동물,이매패 류 등,그들의 게놈에 해당 엑손 같은 단편을 소유 하지 않는 제안.대안적으로 사용되는 엑손에 인코딩된 아미노산 단편의 첨가 및 삭제는 아이팩스-6 단백질 변이체의 구조적 변화를 일으킬 것으로 예상되며,이는 발달 과정에서 그들의 기능을 변화시킬 수 있다. 그 변종 중 두 가지(변형 1 과 3)는 정통 팍스-6 의 중간에 153 머가 부족하고 고화질(그림 1)의 절반이 부족합니다. 삭제 그들의 기능적 속성에 영향을 탐구,우리는 비교 모델링에 따라 단백질의 3 차원(3 차원)구조 예측 수행. 본격 아이팩스-6 의 가상 3 차원 구조와 엑손 3 에 의해 코딩된 세그먼트가 결여된 변형이 구성되었다. 템플렛 구조는 우리가 아이팩스-6 의 구조와 디엔-바운드 형태의 변형을 예측할 수 있도록 디엔-바운드 형태에 의해 확인되었다. 정통 형태의 추정 3 차원 구조는 합리적으로 잘 모델링되었다; 상기 코어 잔류물,즉,고질환의 제 1 나선 전 루프상의 페,제 1 나선 전 루프상의 레우,제 2 나선 전 루프상의 레우,모델 구조의 제 3 나선 전 루프상의 레우 및 고질환의 세 나선은 분명히 서로 단단히 포장되었다(그림 3 기음). 제 3 나선의 표면에 극성 잔기 및 엔-터미널 암에서 두 개의 아그 잔기,즉 결합에 대 한 중요 한 잔기는 디 엔 인터페이스(그림 3 씨,디)에 합리적으로 가까이 위치 했다. 그러나,변종의 추정 3 차원 구조는 문제가되는 문제의 번호를 제시했다. 모델링 된 구조에서,제 1 나선의 엔-터미널 부분을 인코딩하는 엑손 3 에 의해 인코딩 된 영역의 손실은 엑손 2 에서 인코딩 된 15 잔기에 의해 보상되었다. 따라서,정통 및 변형 형태의 아미노산 서열은 엔-말단 측의 15 잔기를 포함하는 영역에서만 달랐다. 그러나이 차이는 변형의 구조적 에너지를 크게 증가시키고 전체 구조를 불안정하게 만들었습니다. 이 불안정성은 첫 번째 나선 전에 루프에 페가 부족하고 첫 번째 나선에 루가 부족하여 발생할 수 있습니다. 이러한 구성 요소는 세 개의 나선을 포장하는 데 분명히 중요합니다. 또한,엔-터미널 루프에서 두 개의 아그 잔기 정통 형태로 마이너 홈에 있는 유전자 기지에 바인딩하는 변형에서 누락 되었습니다. 이러한 문제점들은 변형체의 고질환이 불안정하다는 것을 강하게 암시하며,도메인은 고질환에 대한 결합 친화성이 거의 없음을 시사한다(그림 3 차원 및 3 차원’). 또한 안정적인 고질환의 부족은 1 과 3 의 변종이 오징어 종의 정통 아이팩스-6 과 다른 유전자 표적 부위를 가지고 있음을 시사한다.두 변종(변종 2 및 3)도 태평양 표준시 도메인 내에서 120 메르 삽입을 나타냈다(그림 1). 삽입 된 시퀀스는 오징어에 특정한 것으로 밝혀졌습니다(그림 2). 이 삽입은 태평양 표준시 도메인의 트랜스 활성화 활동을 변경할 수 있습니다. 변형 4 는 피임과 고질환 사이에 고유 한 삽입(57 메르)을 나타냈다. 삽입된 시퀀스에서 알려진 도메인 또는 서명을 찾을 수 없습니다. 이 삽입은 링커를 확장시킵니다.