En semanas después del ataque a Pearl Harbor, Marshall asignó a Clark dos tareas que podrían haber tenido un impacto en la decisión de encarcelar a todos los japoneses estadounidenses en la Costa Oeste. En ambos casos, se ignoraron en gran medida sus conclusiones de que se oponía directa o indirectamente a la exclusión. En primer lugar, Marshall envió a Clark a visitar el Comando de Defensa Occidental en respuesta a la petición de su comandante, el General John DeWitt, de más tropas para defender la Costa Oeste. Después de cinco días de estudio, se reportó a Marshall en enero. 27, 1942 que la designación de «teatro de operaciones»(establecida en diciembre. 11) ser removido por razones tácticas, ya que » todo lo que se necesita para proteger la Costa Oeste es un comando funcional con la misión de defender la frontera costera contra ataques aéreos y navales de superficie.»DeWitt y el Mariscal General Allen Gullion se opusieron, en gran parte porque tal acción pondría en peligro sus esfuerzos para eliminar a todos los japoneses estadounidenses de la Costa Oeste.
Unos días después, en febrero. el 3 de septiembre, testificó ante un Comité de Defensa de la Costa Oeste de la Cámara de Representantes y el Senado presidido por el Sen. Rufus Holman de Oregón. Junto con el jefe de Operaciones Navales Harold Stark, declaró que» un esfuerzo de invasión estaba fuera de cuestión «y que lo máximo de lo que el enemigo era capaz sería» posiblemente hacer que un submarino lanzara algunos proyectiles a alguna ciudad, lo que sería una operación inútil desde el punto de vista de los resultados prácticos.»Su rechazo de la posibilidad de una invasión japonesa de la Costa Oeste fue consistente con los informes de inteligencia del ejército y aparentemente socavó una de las principales razones para la exclusión masiva de los japoneses estadounidenses.
La segunda tarea de Clark fue investigar lo que se debería hacer con los japoneses estadounidenses en la Costa Oeste desde la perspectiva de un planificador militar. A principios de febrero de 1942, había llegado a la conclusión de que la expulsión masiva de japoneses-americanos propuesta por DeWitt y sus asesores era desaconsejada y «expresó incredulidad» cuando DeWitt le informó de estos planes el 12 de febrero. Citando las demandas de mano de obra para el ejército en un escenario de remoción en masa—creía que se requerirían de 10.000 a 15.000 soldados para proteger solo al grupo de alienígenas encarcelados—, argumentó en cambio a favor de identificar «instalaciones críticas» para ser protegidas desalojando a los alienígenas enemigos alrededor de su perímetro. También recomendó que «los líderes de la banda y los sospechosos deben ser internados libremente» y también frecuentes redadas y contrapropaganda. Pero su propuesta más razonada llegó demasiado tarde, ya que el escenario de remoción masiva más draconiano ya había sido aprobado por el Presidente y Secretario de Guerra Henry Stimson , ninguno de los cuales pidió las opiniones de los generales Clark o Marshall.
En enero de 1943, el teniente General Clark fue nombrado comandante del Quinto Ejército y dirigió la ofensiva aliada en Italia. Entre los soldados bajo su mando estaba el Batallón de Infantería número 100, formado por japoneses estadounidenses de Hawái, inicialmente rechazado por el General Dwight D. Eisenhower, Clark los aceptó voluntariamente y pronto se convirtió en su «partidario más entusiasta», citando su» eficiencia «y» reacción rápida a la oposición hostil » en sus encuentros iniciales con el enemigo. En su autobiografía, recordó que el número 100 era»… uno de los activos más valiosos en el Quinto Ejército» y que «lucharon magníficamente durante toda la campaña italiana.»Las tropas Nisei parecían ser muy conscientes del hecho de que tenían la oportunidad de demostrar la lealtad de muchos miles de estadounidenses de ascendencia japonesa», agregó, » y pagaron un alto precio para lograr ese objetivo. Estaba orgulloso de tenerlos en el Quinto Ejército.»
A pesar de las objeciones de Clark, el Equipo de Combate del Regimiento 100 y el 442 (que incorporaban al 100) fueron transferidos a Francia para ayudar a tomar las Montañas de los Vosgos en septiembre de 1944. En un esfuerzo por evitar esto, le propuso a Marshall que el 100º se separara del 442º y permaneciera con él, mientras que el 442º sería enviado a Francia, argumentando que los efectos de publicidad se multiplicarían en tal escenario. «Es difícil para mí exagerar el viaje que he experimentado al tener el Batallón de Infantería número 100 en el Quinto Ejército», les escribió en una carta de despedida. «Quiero expresarle mi sincero agradecimiento por el magnífico trabajo que ha realizado y desearle el mayor de los éxitos en sus nuevas empresas. Más tarde, en abril de 1945, el 442 regresó a Italia y sirvió bajo Clark, que ahora era comandante del Decimoquinto Grupo de Ejércitos a cargo de todas las fuerzas aliadas en Italia, durante el resto de la guerra. Clark tomó la rendición alemana de Italia el 2 de mayo.