Midlertidig nese og hals tørrhet, irritasjon, blødning eller ubehagelig smak eller lukt kan forekomme. Nasal septum perforering er sjelden rapportert. Sjeldne, men lokaliserte infeksjoner i nese og svelg Med Candida albicans har blitt rapportert og langvarig bruk kan øke sjansen for grå stær eller glaukom.

Flunisolide nesespray absorberes i sirkulasjonssystemet (blod). Kortikosteroid nesesprayer kan påvirke hypothalamus-hypofyse-binyreaksefunksjonen hos mennesker. Etter at den ønskede kliniske effekten er oppnådd, bør vedlikeholdsdosen reduseres til den minste mengden som er nødvendig for å kontrollere symptomene, som kan være så lav som 1 spray i hvert nesebor om dagen. Utnytte minimum effektiv dose vil redusere muligheten for bivirkninger. Anbefalte mengder intranasale kortikosteroider er vanligvis ikke forbundet med systemiske bivirkninger.

Kortikosteroider hemmer sårheling. Bruk av kortikosteroid nesesprayer hos pasienter som nylig har opplevd neseseptumsår, tilbakevendende epistakse, nesekirurgi eller traumer, bør derfor et nasalt kortikosteroid brukes med forsiktighet inntil tilheling har oppstått. Under graviditet er anbefalte doser intranasale kortikosteroider trygge og effektive.