området rundt saltsjøen er ikke bebodd, men det er noen gjeting og noen sesong dyrking. Trusler mot salinitetsbalansen fra økt siltasjonstilstrømning vil komme fra mer projisert logging i Natron-vannområder og et planlagt vannkraftverk På Ewaso ng ‘ iro over grensen i Kenya. Selv om utbyggingsplaner inkluderer bygging av en dike i nordenden av innsjøen for å inneholde ferskvann, trusselen om fortynning til denne grobunn kan fortsatt være alvorlig. Det er ingen formell beskyttelse.
en ny trussel mot Lake Natron er den foreslåtte utviklingen av en soda-plante på sine kyster. Anlegget ville pumpe vann fra sjøen og trekke ut natriumkarbonat for å konvertere til vaskepulver for eksport. Ved siden av anlegget vil det være boliger for over 1000 arbeidere, og et kullkraftverk for å gi energi til anleggskomplekset. I tillegg er det en mulighet utviklerne kan innføre en hybrid saltlake reker for å øke effektiviteten av utvinning.
Ifølge Chris Magin, rspbs internasjonale offiser For Afrika, «er sjansen for at de mindre flamingoene fortsetter å avle i Ansiktet av flamingoer.slike kaos er ved siden av null. Denne utviklingen vil la mindre flamingoer i Øst-Afrika står overfor utryddelse». Syttifem prosent av verdens mindre flamingoer er født på Lake Natron. For tiden driver en gruppe På mer enn femti østafrikanske bevarings-og miljøinstitusjoner en verdensomspennende kampanje for å stoppe den planlagte byggingen av soda-fabrikken av Tata Chemicals Ltd I Mumbai, India og National Development Corporation Of Tanzania. Gruppen som arbeider under paraplynavnet Lake Natron Consultative Group, koordineres av Ken Mwathe, Bevaringsprogramleder Ved BirdLife Internationals Afrika-Sekretariat.I henhold til kommunikasjon i juni 2008 skal Tata Chemicals ikke fortsette Med Natron-Prosjektet, og videre revurdering av dette prosjektet vil bli underlagt Ramsar Wetlands plan, som for tiden er under utarbeidelse.På grunn av sitt unike biologiske mangfold, navnga Tanzania Lake Natron Basin til Ramsar-Listen over Våtmarker Av Internasjonal Betydning den 4. juli 2001. Innsjøen er Også World Wildlife Fund East African halophytics ecoregion.