i uker etter angrepet På Pearl Harbor, Marshall tildelt Clark to oppgaver som kan ha hatt en innvirkning på beslutningen om å fengsle Alle Japanske Amerikanere På Vestkysten. I begge tilfeller ble hans konklusjoner som direkte eller indirekte motsatte utelukkelse i stor grad ignorert. I første omgang sendte Marshall Clark for å besøke Western Defense Command som svar på sin sjef, General John Dewitts oppfordring til flere tropper for å forsvare Vestkysten. Etter fem dager med studier, han rapporterte Til Marshall På Jan. 27, 1942 at» theatre of operations » betegnelse (satt På Desember. 11) bli fjernet av taktiske grunner, siden » alt som trengs for å beskytte Vestkysten er en funksjonell kommando med oppdraget å forsvare kystgrensen mot luft-og flåteangrep.»Dewitt og Hærens Provost Marshal General Allen Gullion protesterte, i stor grad fordi en slik handling ville true deres innsats for å fjerne Alle Japanske Amerikanere fra Vestkysten.

Noen dager senere, På Feb. 3, han vitnet før Et Hus-Senatet Komiteen For Forsvar Av Vestkysten ledet Av Sen. Rufus Holman Av Oregon. Sammen med Sjef For Marineoperasjoner Harold Stark, uttalte Han at «en invasjon innsats var ute av spørsmålet», og at det meste som fienden var i stand til ville være » å muligens ha en ubåt kaste noen skjell inn i noen by som ville være en fåfengt operasjon fra standpunktet av praktiske resultater.»Hans avvisning av Muligheten For En Japansk invasjon av Vestkysten var i samsvar med rapporter fra hærens etterretning og tilsynelatende undergraver en av hovedgrunnene for masseekskludering Av Japanske Amerikanere. Clarks andre og relaterte oppgave var å undersøke hva Som skulle gjøres Med Japanske Amerikanere på Vestkysten fra en militærplanleggers perspektiv. Ved begynnelsen av februar 1942 hadde Han kommet til den konklusjon at massefjerningen Av Japanske Amerikanere som ble foreslått av Dewitt og hans rådgivere var dårlig råd og «uttrykt vantro» da DeWitt informerte ham om disse planene den 12. februar. Med henvisning til arbeidskraftkravene til hæren i et massefjerningsscenario-han trodde at 10.000 til 15.000 soldater ville bli pålagt å vokte bare den fengslede fremmede gruppen—argumenterte han i stedet for å identifisere «kritiske installasjoner» for å bli beskyttet ved å kaste ut fiendtlige romvesener rundt deres omkrets. Han anbefalte også at «ring ledere og mistenkte bør interneres liberalt» og også hyppige raid og counterpropaganda. Men hans mer begrunnede forslag kom for sent, da det mer drakoniske massefjerningsscenariet allerede var godkjent Av Presidenten Og Krigsministeren Henry Stimson, ingen av Dem spurte generalene Clark eller Marshall. i januar 1943 ble Generalløytnant Clark utnevnt til kommandør for Den Femte Hæren og ledet Den Allierte offensiven I Italia. Blant soldatene under hans kommando var Den 100. Infanteribataljonen, Bestående Av Japanske Amerikanere Fra Hawaii. Eisenhower, Clark tok dem på frivillig og ble snart deres «mest entusiastiske supporter,» siterer deres «effektivitet » og» rask reaksjon på fiendtlig motstand » i sine første møter med fienden. I sin selvbiografi husket han at den 100. var»… en Av De mest verdifulle eiendeler I Den Femte Hæren «og at de» kjempet prakt gjennom den italienske kampanjen.»Nisei-troppene syntes å være veldig bevisste på det faktum at de hadde en mulighet til å bevise lojaliteten til mange tusen Amerikanere Av Japansk avstamning,» la han til, «og de betalte villig en høy pris for å oppnå dette målet. Jeg var stolt over Å ha dem i Den Femte Hæren.»

Over Clarks innvendinger ble 100. Og 442. Regimental Combat Team (som innlemmet 100.) overført Til Frankrike for å hjelpe til med å ta Vosges-Fjellene i September 1944. I et forsøk på å forhindre Dette, foreslo Han Til Marshall At Den 100. skulle brytes av fra den 442. og bli hos Ham, mens den 442. skulle bli sendt Til Frankrike, og argumenterte for at publisitetseffektene ville bli multiplisert i et slikt scenario. «Det er vanskelig for meg å overdrive turen jeg har opplevd med å ha den 100. Infanteribataljonen i Den Femte Hæren,» skrev han dem i et avskjedsbrev. «Jeg vil uttrykke min oppriktige takknemlighet for den fantastiske jobben du har gjort, og ønsker deg all suksess i dine nye virksomheter.»Senere, i April 1945, returnerte 442nd Til Italia og tjente Under Clark-som nå var kommandør for Den Femtende Hærgruppen med ansvar for Alle Allierte styrker i Italia – for resten av krigen. Clark tok den tyske overgivelsen Av Italia 2. Mai.