«Able var jeg før Jeg så Elba»: denne ganske bombastiske setningen er en palindrom setning, med andre ord leser den nøyaktig det samme fremover som det gjør bakover. Begynnelsen AV CRISPR-revolusjonen ble preget av oppdagelsen av et stort antall gjentatte palindromiske sekvenser i en region med bakterielt DNA. I disse sekvensene er bokstavene i den genetiske koden, de fire basemolekylene adenin, cytosin, tymin og guanin, bestilt slik at de har samme rekkefølge som den andre komplementære DNA-strengen – i dette tilfellet leses i motsatt retning. DETTE er egenskapen som gir CRISPR (Gruppert Regelmessig Interspaced Kort Palindromic Gjentar) sin tunge-vridning navn.

I Motsetning til ord palindromer som ‘ civic ‘og ‘ tenet’, som har en mening, gir palindromer i genetikkordboken ikke mening og kan ikke oversettes til funksjonelle proteiner. Likevel er de ikke helt meningsløse. DNA-skjære proteiner bruker ofte palindrom-sekvenser som gjenkjenningssekvenser, hvor DE kutter DNA-molekylet. Disse sekvensene kan være fire, seks eller åtte basepar lange, selv om noen skjæreproteiner krever 20 eller flere basepar.

Ut av de palindromiske sekvensene I CRISPR-regionen transkriberes rna-molekyler, som vedtar et meget stabilt arrangement (sekundær struktur). De varierer mellom 23 og 47 basepar i lengde. Variable regioner med tilsvarende lengde kan bli funnet mellom disse sekvensene. De stammer fra genomet av fremmed DNA som penetrerte bakteriecellen, og er også kjent som spacer DNA. CRISPR-regionen inkluderer en promoter som sikrer AT CRISPR-regionen kan leses og oversettes til CRISPR-RNA (crRNA). Andre gener kjent som CRISPR-assosierte gener (Cas) ligger ved siden av den. Disse genene gir blåkopien for cas-proteinene-nemlig enzymer som kutter DNA-strengen. CRISPR-og spacer-sekvensene følges av en region for ET RNA-molekyl kjent som tracrRNA, som styrer skjæremolekylene og crRNA til deres målsteder på virus-DNA.