po pierwszym konflikcie Bonifacego z królem francuskim doszło do pozornego pojednania, co zostało podkreślone przez kanonizację Świętego przodka Filipa Ludwika IX. drugi konflikt, który wybuchł w 1301 r.wokół sfałszowanych zarzutów przeciwko biskupowi południowej Francji Bernardowi Saissetowi z Pamiers oraz jego skrócony proces i uwięzienie, okazał się nie do pogodzenia. Teraz król zagroził i zamierzał zniszczyć jeden z najbardziej fundamentalnych zysków, które papiestwo osiągnęło i utrzymało w wielkich walkach ostatnich dwóch stuleci: papieska, a nie świecka, Kontrola duchowieństwa. Papież nie mógł tu pójść na kompromis i w bulli Ausculta fili („słuchać syna”) Ostro zgromił Filipa i zażądał zadośćuczynienia, zwłaszcza uwolnienia biskupa, który apelował do Rzymu. Zamiast tego kanclerz Królewski, Pierre Flotte, mógł rozpowszechniać zniekształcony wyciąg z bulli, a tym samym przygotować opinię publiczną na wielkie zgromadzenie Stanów Generalnych (ciało ustawodawcze Francji) w kwietniu 1302 r., w którym szlachta i mieszczanie entuzjastycznie, a duchowieństwo niechętnie, wspierali króla.

Bonifacy jednak zdaje się mieć dobry powód do nadziei na korzystne zakończenie konfliktu, ponieważ armia Filipa została wkrótce potem katastrofalnie pokonana przez Ligę flamandzkich mieszczan i ponieważ Niemiecki król i przyszły cesarz, Albert I Habsburg, był gotowy zrezygnować ze swojego francuskiego sojuszu, jeśli papież uzna kwestionowaną legitymizację jego rządów. Uznanie to zostało przyznane na początku 1303 roku w kategoriach, które podniosły ideał i tradycyjne, choć rzadko realizowane, harmonijne relacje między papiestwem a Świętym Cesarstwem Rzymskim. To imperium zostało teraz powiedziane przez papieża, aby posiadać-pod najwyższą papieską supremacją-zwierzchnictwo nad wszystkimi innymi królestwami, w tym Francją.

w listopadzie 1302 Bonifacy wydał jeszcze bardziej fundamentalną deklarację dotyczącą pozycji papiestwa w świecie chrześcijańskim, bullę Unam sanctam („jeden święty”), która stała się najbardziej znanym ze wszystkich dokumentów papieskich średniowiecza ze względu na rzekomo radykalne i skrajne sformułowanie treści papieskiego urzędu. Byk jako całość jest rzeczywiście silnym, ale nie nowatorskim powołaniem o wyższości duchowej nad doczesną władzą. Niemniej jednak stara Doktryna Gelazjańska, że obie moce są różne i obie są od Boga, jest wyraźnie stwierdzona, a w ostatecznym zdaniu dogmatycznym papież mówi nie o doczesnej mocy, ale o stworzeniu ludzkim jako o przedmiocie Papieskiej pełni mocy, której poddanie jest uważane za konieczne do zbawienia.

tymczasem we Francji, radca Filipa IV Guillaume de Nogaret zajął miejsce Flotte ’ a jako lidera aktywnie antypapieskiej polityki królewskiej. Filip był wspierany w tej Polityce przez innych wrogów papieża, w tym legata, którego Bonifacy wysłał do Francji w tych krytycznych miesiącach i który zdradził swojego mistrza, francuskiego kardynała Jeana Lemoine ’ a (Johannesa Monachusa). Wiele nieuzasadnionych oskarżeń przeciwko Bonifacemu, począwszy od bezprawnego wejścia na urząd papieski po herezję, podniesiono przeciwko niemu na tajnym spotkaniu króla i jego doradców, które odbyło się w paryskim Luwrze; oskarżenia te miały zostać podjęte i opracowane później podczas pośmiertnego procesu przeciwko papieżowi prowadzonego przez Filipa IV. Wkrótce po spotkaniu w Luwrze, na którym Nogaret zażądał potępienia Papieża przez Radę Generalną kościoła, Nogaret udał się do Włoch, aby wzniecić, jeśli to możliwe, bunt przeciwko papieżowi.