może wystąpić tymczasowa suchość nosa i gardła, podrażnienie, krwawienie lub nieprzyjemny smak lub zapach. Perforacja przegrody nosowej jest rzadko zgłaszana. Rzadko, ale zlokalizowane zakażenia nosa i gardła z Candida albicans zostały zgłoszone i długotrwałe stosowanie może zwiększyć ryzyko zaćmy lub jaskry.

Flunisolid aerozol do nosa jest wchłaniany do układu krążenia (krwi). Aerozole kortykosteroidowe do nosa mogą wpływać na czynność osi podwzgórze-przysadka-nadnercza u ludzi. Po uzyskaniu pożądanego efektu klinicznego dawkę podtrzymującą należy zmniejszyć do najmniejszej ilości niezbędnej do opanowania objawów, która może wynosić nawet 1 aerozol do każdego otworu nosowego na dobę. Wykorzystanie minimalnej skutecznej dawki zmniejszy możliwość wystąpienia działań niepożądanych. Zalecane dawki kortykosteroidów podawanych donosowo na ogół nie są związane z ogólnoustrojowymi działaniami niepożądanymi.

kortykosteroidy hamują gojenie się ran. Dlatego stosowanie kortykosteroidów w aerozolu do nosa u pacjentów, u których niedawno wystąpiły owrzodzenia przegrody nosowej, nawracające krwawienia z nosa,operacje nosa lub uraz, kortykosteroidy do nosa należy stosować ostrożnie do czasu zagojenia. W ciąży zalecane dawki kortykosteroidów donosowych są bezpieczne i skuteczne.