obszar wokół jeziora solnego nie jest zamieszkany, ale istnieje pewne pasterstwo i sezonowa uprawa. Zagrożenia dla równowagi zasolenia wynikające ze zwiększonego napływu zamulenia będą pochodzić z bardziej przewidywanych wyrębów w ujściach Natron i planowanej elektrowni wodnej na ewaso Ng ’ Iro po drugiej stronie granicy w Kenii. Chociaż plany rozwoju obejmują budowę Grobli na północnym krańcu jeziora, aby pomieścić słodką wodę, zagrożenie rozmyciem się do tego lęgowiska może nadal być poważne. Nie ma formalnej ochrony.
nowym zagrożeniem dla Jeziora Natron jest planowana budowa elektrowni sodowej na jego brzegach. Zakład pompował wodę z jeziora i wydobywał węglan sodu, aby przekształcić się w proszek do prania na eksport. Towarzyszące zakładowi miały być mieszkania dla ponad 1000 pracowników oraz elektrownia węglowa, która miała dostarczać energię dla kompleksu elektrowni. Ponadto istnieje możliwość wprowadzenia hybrydowej krewetki solankowej w celu zwiększenia wydajności ekstrakcji.
według Chrisa Magina, międzynarodowego oficera RSPB na Afrykę, „szansa na to, że mniejsze flamingi nadal się rozmnażają w obliczu taki chaos jest bliski zeru. Ten rozwój sprawi, że mniejsze flamingi w Afryce Wschodniej staną w obliczu wyginięcia”. Siedemdziesiąt pięć procent mniejszych flamingów na świecie rodzi się nad jeziorem Natron. Obecnie grupa ponad pięćdziesięciu wschodnioafrykańskich instytucji ochrony i ochrony środowiska prowadzi ogólnoświatową kampanię mającą na celu powstrzymanie planowanej budowy fabryki sody ash przez Tata Chemicals Ltd z Mumbaju w Indiach i National Development Corporation z Tanzanii. Grupa działająca pod nazwą Lake Natron Consultative Group jest koordynowana przez Kena Mwathe, kierownika programu ochrony w sekretariacie Birdlife International w Afryce.
zgodnie z Komunikatem z czerwca 2008 r., Tata Chemicals nie będzie kontynuować projektu Natron, a dalsze ponowne zbadanie tego projektu będzie podlegać planowi Ramsar Wetlands, który jest obecnie przygotowywany.
ze względu na wyjątkową bioróżnorodność Tanzania 4 lipca 2001 r.wpisała Dorzecze Jeziora Natron na Listę Mokradeł Ramsar o znaczeniu międzynarodowym. Jezioro jest również ekoregionem World Wildlife Fund East African halophytics.