w kilka tygodni po ataku na Pearl Harbor Marshall przydzielił Clarkowi dwa zadania, które mogły mieć wpływ na decyzję o uwięzieniu wszystkich japońskich Amerykanów na Zachodnim Wybrzeżu. W obu przypadkach jego wnioski, że bezpośrednio lub pośrednio sprzeciwiał się wykluczeniu, zostały w dużej mierze zignorowane. W pierwszej kolejności Marshall wysłał Clarka, by odwiedził Zachodnie dowództwo obrony w odpowiedzi na wezwanie jego dowódcy, generała Johna DeWitta, by pozyskał więcej żołnierzy do obrony Zachodniego Wybrzeża. Po pięciu dniach nauki zgłosił się do marszałka w dniu 27, 1942, że oznaczenie „Teatr operacji „(ustawiony na Grudzień. 11) zostać usunięty ze względów taktycznych, ponieważ ” wszystko, co jest potrzebne do ochrony Zachodniego Wybrzeża, to funkcjonalne dowództwo z misją obrony wybrzeża przed nalotami powietrznymi i morskimi.”DeWitt i dowódca armii generał Allen Gullion sprzeciwili się, w dużej mierze dlatego, że takie działania zagroziłyby ich wysiłkom na rzecz usunięcia wszystkich japońskich Amerykanów z Zachodniego Wybrzeża.

kilka dni później, w lutym 3, zeznawał przed Izbą-Senacką Komisją obrony Zachodniego Wybrzeża pod przewodnictwem Sen. Rufus Holman z Oregonu. Wraz z szefem operacji morskich Haroldem Starkiem stwierdził, że „inwazja nie wchodzi w rachubę” i że najbardziej, do czego wróg był zdolny, to ” być może łódź podwodna rzuci kilka pocisków w jakieś miasto, co byłoby daremną operacją z praktycznego punktu widzenia.”Jego odrzucenie możliwości japońskiej inwazji na zachodnie wybrzeże było zgodne z doniesieniami wywiadu wojskowego i pozornie podkopało jedną z głównych przesłanek masowego wykluczenia japońskich Amerykanów.

drugim i pokrewnym zadaniem Clarka było zbadanie, co należy zrobić z japońskimi Amerykanami na Zachodnim Wybrzeżu z perspektywy planowania wojskowego. Na początku lutego 1942 roku doszedł do wniosku, że masowe usunięcie japońskich Amerykanów zaproponowane przez DeWitta i jego doradców było nierozważne i „wyraziło niedowierzanie”, gdy DeWitt poinformował go o tych planach 12 lutego. Powołując się na zapotrzebowanie na siłę roboczą armii w scenariuszu masowego usuwania-uważał, że od 10 000 do 15 000 żołnierzy będzie potrzebnych do strzeżenia tylko uwięzionej grupy obcych—argumentował zamiast tego za identyfikowaniem „krytycznych instalacji”, które mają być chronione przez eksmitowanie wrogich kosmitów na ich obwodzie. Zalecał również, aby” przywódcy pierścieni i podejrzani byli obficie internowani”, a także częste naloty i kontrpropagandy. Jego bardziej uzasadniona propozycja pojawiła się jednak zbyt późno, gdyż bardziej drakoński scenariusz masowych deportacji został już zatwierdzony przez prezydenta I sekretarza wojny Henry ’ ego Stimsona , żaden z nich nie pytał o opinie generałów Clarka czy Marshalla.

w styczniu 1943 roku generał porucznik Clark został mianowany dowódcą 5 Armii i dowodził aliancką ofensywą we Włoszech. Wśród żołnierzy pod jego dowództwem był 100 batalion piechoty, złożony z Japończyków z Hawajów. początkowo odrzucony przez generała Dwighta D. Eisenhower, Clark wziął je dobrowolnie i wkrótce stał się ich” najbardziej entuzjastycznym zwolennikiem”, powołując się na ich” skuteczność „i” szybką reakcję na wrogą opozycję ” w pierwszych spotkaniach z wrogiem. W swojej autobiografii przypomniał, że 100… jeden z najcenniejszych atutów 5 Armii „i że” walczyli wspaniale w całej kampanii włoskiej.””Oddziały Nisei zdawały się być bardzo świadome faktu, że miały okazję udowodnić lojalność wielu tysięcy Amerykanów japońskiego pochodzenia”, dodał, „i chętnie zapłaciły wysoką cenę, aby osiągnąć ten cel. Byłem dumny, że mam ich w piątej Armii.”

w wyniku sprzeciwu Clarka, 100.i 442. Pułk Piechoty (w skład którego wchodził 100. Pułk) zostały przeniesione do Francji, aby pomóc w zdobyciu Wogezów we wrześniu 1944 roku. Starając się temu zapobiec, zaproponował Marshallowi, aby 100.został oderwany od 442. i pozostał przy nim, podczas gdy 442. zostanie wysłany do Francji, argumentując, że efekty reklamowe zostaną pomnożone w takim scenariuszu. „Trudno mi wyolbrzymić jazdę, jakiej doświadczyłem mając 100 batalion piechoty w 5 Armii” – napisał je w liście pożegnalnym. „Chcę wyrazić wam moje szczere uznanie dla wspaniałej pracy, którą wykonaliście i życzę Wam samych sukcesów w nowych przedsięwzięciach.”Później, w kwietniu 1945 roku, 442. wrócił do Włoch i służył pod Clarkiem-który był teraz dowódcą piętnastej Grupy Armii odpowiedzialnej za wszystkie siły alianckie we Włoszech-do końca wojny. Clark przyjął niemiecką kapitulację Włoch 2 maja.