„Able was i ere I saw Elba”: to dość bombastyczne stwierdzenie jest zdaniem palindromowym, innymi słowy czyta się je dokładnie tak samo do przodu, jak do tyłu. Początek rewolucji CRISPR był naznaczony odkryciem dużej liczby powtarzających się sekwencji palindromicznych w regionie bakteryjnego DNA. W tych sekwencjach litery kodu genetycznego, cztery podstawowe cząsteczki adeniny, cytozyny, tyminy i guaniny, są uporządkowane tak, że mają ten sam porządek co druga komplementarna nić DNA-w tym przypadku czytana w przeciwnym kierunku. Jest to właściwość, która nadaje CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) swoją nazwę skręcającą język.

w przeciwieństwie do słów palindromy typu „civic” i „tenet”, które mają znaczenie, palindromy w słowniku genetycznym nie mają sensu i nie można ich przetłumaczyć na białka funkcjonalne. Niemniej jednak, nie są one całkowicie bez znaczenia. Białka tnące DNA często wykorzystują sekwencje palindromu jako sekwencje rozpoznawcze, w których przecinają cząsteczkę DNA. Sekwencje te mogą mieć długość czterech, sześciu lub ośmiu par zasad, chociaż niektóre białka tnące wymagają 20 lub więcej par zasad.

z sekwencji palindromicznych regionu CRISPR transkrybowane są cząsteczki RNA, które przyjmują bardzo stabilny układ (struktura wtórna). Ich długość waha się od 23 do 47 par zasad. Pomiędzy tymi sekwencjami można znaleźć zmienne regiony o podobnej długości. Pochodzą one z genomu obcego DNA, który przeniknął do komórki bakteryjnej, i są również znane jako spacer DNA.

region CRISPR zawiera promotor, który zapewnia, że region CRISPR można odczytać i przetłumaczyć na CRISPR-RNA (crRNA). Inne geny znane jako geny związane z CRISPR (Cas) znajdują się obok niego. Geny te dostarczają wzorca dla białek Cas-a mianowicie enzymów, które przecinają nić DNA. Po sekwencjach CRISPR i spacer następuje region cząsteczki RNA znany jako tracrRNA, który prowadzi cząsteczki tnące i crRNA do ich docelowych lokalizacji w DNA wirusa.