Zakon cystersów znajduje swoje historyczne pochodzenie w Cîteaux, francuskim klasztorze założonym w 1098 roku przez grupę mnichów pod przewodnictwem św. Opuszczając Opactwo w Molesme, aby założyć nowy klasztor, Wspólnota postanowiła prowadzić życie wierne prostocie reguły św. Benedykta. Zainspirowani silnym duchem reform kościelnych i monastycznych epoki, chcieli odłożyć na bok niektóre wydarzenia w życiu monastycznym związane z wybitnym i wpływowym Opactwem benedyktyńskim w Cluny. Konkretnie, św. Robert i jego mnisi przyjęli zestaw ideałów popularnych wśród współczesnych reformatorów klasztornych: wśród nich było pragnienie skutecznej równowagi między modlitwą a poważną pracą, nacisk na ewangeliczne ubóstwo i oderwanie się od spraw światowych oraz styl życia wspólnotowego wzorowany na apostołach i pierwszych chrześcijanach(por. Dzieje Apostolskie 2:42-47; 4:32-35). Przede wszystkim pragnęli poszukiwać nowych i autentycznych sposobów życia jako mnisi w odpowiedzi na wezwanie Boga, program rozeznania, który obejmował zarówno wierność szerszej i bardziej starożytnej tradycji monastycznej, jak i szczerą uwagę na życie i czasy, w których żyli.

zapał i inspiracja pierwszych mnichów w Cîteaux została wkrótce poddana próbie. Z dostępnych źródeł wynika, że z powodu niejednoznacznej relacji między nowym klasztorem a domem benedyktynów, który opuścili mnisi, powstało napięcie. W celu zachowania pokoju, po krótkim czasie św. Robert musiał opuścić Cîteaux i wrócić do Molesme, aby powrócić do swoich obowiązków jako opat. Z tego powodu w ikonografii Cysterskiej często przedstawiany jest jako benedyktyński mnich w czarnym habicie, zamiast tradycyjnego biało-czarnego habitu Zakonu Cystersów. Niektórzy mnisi zdecydowali się na powrót ze św. Robertem, pozostali zaś wyznali swoją stabilność Cîteaux, pieczętując tym samym swoje zaangażowanie w nową reformę. Jako opat Cîteaux, św. Robert został zastąpiony najpierw przez św. Alberyka, a następnie przez św. Stefana Hardinga; razem ci trzej mężczyźni są obchodzeni jako założyciele Zakonu Cystersów uroczystym świętem 26 stycznia.

pod kierunkiem św. Alberyka mała wspólnota rozrosła się, zbudowała swój pierwszy kościół i zaczęła ustalać praktyczne szczegóły swojego sposobu życia. Szczepana nowy klasztor zaczął się rozwijać w niezwykłym tempie, z pierwszymi czterema fundacjami (potocznie nazywanymi „domami córek”) przybywającymi w szybkim tempie: La Ferté (1113), Pontigny (1114), Clairvaux (1115) i Morimond (1115). Zapoczątkowana w Cîteaux odnowa życia monastycznego szybko rozwinęła się w coraz większą sieć blisko spokrewnionych, ale niezależnych klasztorów w całej średniowiecznej Europie. Pragnienie zachowania silnego poczucia jedności i solidarności wśród rozrastających się wspólnot skłoniło dawnych cystersów do stworzenia karty braterskiej komunikacji, która utrzymywałaby klasztory razem, która wkrótce stała się przełomem w historii rządów sfederowanych. Najważniejsze postanowienia pierwszej konstytucji, zatytułowanej Carta Caritatis („Karta Miłosierdzia”), wymagały od każdego opata Cysterskiego corocznej inspekcji lub” wizytacji „swoich domów córek, a także corocznego zwoływania z bratem opatem w Cîteaux” Kapituły Generalnej „poświęconej zarządzaniu i propagowaniu tego, co stało się zasadniczo pierwszym” zakonem religijnym ” w Kościele. Taki system rządów był postrzegany jako obiecujący sposób zharmonizowania roli władzy centralnej i lokalnej, zachowując silne poczucie jedności, a jednocześnie promując zdrową niezależność w każdym z klasztorów. System ten stał się tak popularny, że IV Sobór Laterański (1215), wskazując na cystersów jako wzór, nakazywał kapitule generalnej zarządzanie wszystkimi instytucjami religijnymi epoki, które go jeszcze nie przyjęły.