Po zakończeniu kariery zawodniczej Renteria pozostał w baseballu. Swoją pierwszą ligową pracę menadżerską rozpoczął w 1998 roku w Brevard County Manatees w organizacji Marlins. W systemie Marlins kierował do 2001 roku. W 2003 roku został mianowany trenerem drużyny Lake Elsinore Storm w organizacji Padres, a w 2004 roku został menedżerem the Storm. Po trzech sezonach spędzonych z the Storm, w 2007 roku został przesunięty do Triple-A Portland Beavers. W 2008 roku awansował do pierwszej ligi.

Renteria przeniósł się na stanowisko trenera ławki Padres w 2011 roku. Prowadził także narodową drużynę baseballową Meksyku na World Baseball Classic 2013. 7 listopada 2013 roku Renteria został zatrudniony na stanowisku menedżera Chicago Cubs. Po jednym sezonie pracy został rozwiązany 31 października 2014, tydzień po tym, jak jego następca Joe Maddon zrezygnował z kontraktu z Tampa Bay Rays.

w sezonie 2016 Renteria został zatrudniony przez Chicago White Sox na stanowisku trenera ławki rezerwowych.

w sezonie 2017 Renteria zastąpił menadżera White Sox Robina Venturę. Renteria był drugim menedżerem w historii Chicago baseball, po Johnym Eversie, który zarządzał obiema franczyzami miasta. W 2017 został wyrzucony siedem razy, więcej niż jakikolwiek inny menedżer w pierwszej lidze. W 2020 roku po raz pierwszy od 2008 roku wziął udział w play-offach White Sox. Przegrali w serii „dzika karta” w 3 meczach z Oakland Athletics. 12 października White Sox ogłosili, że Renteria nie powróci na stanowisko menadżera, kończąc pracę w zespole z rocznym kontraktem. Jego ogólny rekord w czterech sezonach z Sox wynosił 236-309.