la câteva săptămâni după atacul de la Pearl Harbor, Marshall i-a atribuit lui Clark două sarcini care ar fi putut avea un impact asupra deciziei de încarcerare a tuturor japonezilor americani pe coasta de Vest. În ambele cazuri, concluziile sale care se opuneau direct sau indirect excluderii au fost în mare parte ignorate. În primă instanță, Marshall l-a trimis pe Clark să viziteze Comandamentul Apărării occidentale ca răspuns la apelul comandantului său, generalul John DeWitt pentru mai multe trupe cu care să apere Coasta de Vest. După cinci zile de studiu, el a raportat la Marshall pe Jan. 27, 1942 că denumirea” Teatrul de operațiuni ” (stabilit pe decembrie. 11) să fie înlăturat din motive tactice, deoarece „tot ceea ce este necesar pentru a proteja coasta de Vest este o comandă funcțională cu misiunea de a apăra frontiera de coastă împotriva raidurilor aeriene și navale de suprafață.”DeWitt și Mareșalul General al Armatei Allen Gullion s-au opus, în mare parte pentru că o astfel de acțiune le-ar pune în pericol eforturile de a-i îndepărta pe toți japonezii americani de pe coasta de Vest.

câteva zile mai târziu, în februarie. 3, el a depus mărturie în fața unui comitet al camerei-Senatului pentru Apărarea coastei de Vest prezidat de Sen. Rufus Holman din Oregon. Împreună cu șeful operațiunilor navale Harold Stark, el a declarat că” un efort de invazie nu era în discuție „și că cel mai mult de care era capabil inamicul ar fi” posibil ca un submarin să arunce câteva obuze într-un oraș, ceea ce ar fi o operațiune inutilă din punctul de vedere al rezultatelor practice.”Respingerea posibilității unei invazii japoneze pe Coasta De Vest a fost în concordanță cu rapoartele serviciilor de informații ale armatei și aparent a subminat una dintre principalele rațiuni pentru excluderea în masă a japonezilor americani. a doua misiune a lui Clark a fost să investigheze ce ar trebui făcut cu japonezii americani de pe Coasta De Vest din perspectiva unui planificator militar. La începutul lunii februarie a anului 1942, el ajunsese la concluzia că îndepărtarea în masă a japonezilor americani propusă de DeWitt și consilierii săi a fost prost sfătuită și „și-a exprimat neîncrederea” când DeWitt l-a informat despre aceste planuri pe 12 februarie. Citând cererile de forță de muncă asupra armatei într—un scenariu de îndepărtare în masă—el credea că 10.000 până la 15.000 de soldați vor fi obligați să păzească doar grupul extraterestru încarcerat-el a susținut în schimb identificarea „instalațiilor critice” care trebuie protejate prin evacuarea străinilor inamici în jurul perimetrului lor. El a recomandat ,de asemenea, ca” liderii inelului și suspecții să fie internați din belșug ” și, de asemenea, raiduri frecvente și contrapropaganda. Dar propunerea sa mai motivată a venit prea târziu , deoarece scenariul mai draconic de îndepărtare în masă fusese deja aprobat de președintele și Secretarul de război Henry Stimson, niciunul dintre ei nu a cerut opiniile generalilor Clark sau Marshall.

în ianuarie 1943, acum generalul locotenent Clark a fost numit comandant al Armatei a V-a și a condus ofensiva aliată în Italia. Printre soldații aflați sub comanda sa se număra Batalionul 100 Infanterie, format din japonezi americani din Hawai ‘ i. respins inițial de generalul Dwight D. Eisenhower, Clark i-a luat de bună voie și în curând a devenit „cel mai entuziast susținător” al lor, citând „eficiența” și „reacția rapidă la opoziția ostilă” în întâlnirile lor inițiale cu inamicul. În autobiografia sa, el și-a amintit că al 100-lea a fost „… unul dintre cele mai valoroase active din armata a cincea” și că „au luptat magnific pe tot parcursul campaniei italiene.”Trupele Nisei păreau să fie foarte conștiente de faptul că au avut ocazia să dovedească loialitatea multor mii de americani de origine japoneză”, a adăugat el, „și au plătit de bunăvoie un preț ridicat pentru a atinge acest obiectiv. Am fost mândru să-i am în armata a cincea.”

peste obiecțiile lui Clark, echipa de luptă a Regimentului 100 și 442 (care a încorporat a 100-a) au fost transferate în Franța pentru a ajuta la cucerirea Munților Vosges în septembrie 1944. Într-un efort de a preveni acest lucru, el i-a propus lui Marshall ca al 100-lea să fie rupt de cel de-al 442-lea și să rămână cu el, în timp ce al 442-lea va fi trimis în Franța, argumentând că efectele publicitare vor fi multiplicate într-un astfel de scenariu. „Îmi este greu să exagerez călătoria pe care am experimentat-o în a avea Batalionul 100 infanterie în armata a cincea”, le-a scris el într-o scrisoare de adio. „Vreau să vă exprim aprecierea mea sinceră pentru munca superbă pe care ați făcut-o și vă doresc mult succes în noile dvs. întreprinderi.”Mai târziu, în aprilie 1945, al 442—lea s—a întors în Italia și a servit sub Clark-care era acum comandant al Grupului de Armate al cincisprezecelea responsabil de toate forțele aliate din Italia-pentru restul războiului. Clark a preluat Predarea germană a Italiei pe 2 mai.