fram till 20-talet verk av Irenaeus och andra heresiologists (ortodoxa kristna författare som beskrev oortodoxa grupper) var de viktigaste källorna till information om gnostiska rörelser. Endast en handfull manuskript som innehåller de autentiska skrifter sådana grupper var kända; de fanns främst i två uppsättningar av koptiska texter, Askew Codex och Bruce Codex, som upptäcktes i Egypten i den 18: e århundradet, men inte publiceras förrän den 19: e århundradet. En tredje viktig Koptisk text, känd som Berlin Codex 8502, tillkännagavs 1896 men publicerades inte förrän i mitten av 20-talet. I 1945, 12 ytterligare utläser och delar av en 13: e codex, alla förmodligen dejting från den 4: e århundradet, upptäcktes nära staden Nag Hammadi (nu Naj Otubiamm Otubid Otubid) i Egypten. Nag Hammadi-samlingen innehåller Koptiska översättningar av mer än fyra dussin skrifter som är olika i typ och innehåll, inklusive ”hemliga ord” av Jesus, icke-kristna verk som tillhör den egyptiska hermetiska traditionen, teologiska avhandlingar och långa mytologiska berättelser. Många av verken innehåller också läror eller myter som fördömdes av Irenaeus och andra heresiologer.

bland Nag Hammadi-skrifterna finns tre separata kopior av Johannes Apokryfon, en särskilt viktig gnostisk myt; en fjärde kopia ingår i Berlin Codex 8502. Motsvarar nära myten om att Irenaeus tillskrivs sekten kallas gnostik Bisexuell, Apocryphon utger sig för att vara en hemlig uppenbarelse från Jesus som mottogs i en vision av aposteln Johannes. Det förmedlar den gudomliga rikets sanna natur och dess förhållande till det materiella kosmos och mänskligheten. Medan den transcendenta guden eller den osynliga Anden är otänkbar och ineffektiv, är det gudomliga pleroma (grekiska: ”full perfektion”) en hierarkisk familj av personifierade eoner, som framträder som frukten av Andens självkontemplation eller självuttryck. Till exempel, som i myten som beskrivs av Irenaeus, framträder Barbelo som den första tanken på den transcendenta Guden, och hon åtföljs snart av förkunnelse, oförstörbarhet, evigt liv och andra. Det ofullkomliga materiella riket förstås som en kopia av det perfekta andliga riket, en ide som delvis härrör från den platoniska Läran om ideer eller former. Myten bygger också på det bibliska temat för mänskligheten som bildas i Guds bild (Genesis 1:26-27); sann eller gudomlig mänsklighet är emellertid den andliga familjen som skapas i fullkomlighetens rike som Andens bild. Det riket är bostaden för den andliga Adamas, hans son Seth, och rasen eller avkomman till Seth.skaparen av det synliga riket och den jordiska Adam och Eva i den bibliska Edens trädgård är en mindre varelse, en härskare (archon) som heter Ialdabaoth, som är en mörk karikatyr av skaparens Gud av Genesis och platonismens demiurge. Visdom, den lägsta enheten i fullkomlighetens rike, skapar Ialdabaoth i ett obehörigt försök att producera en likhet med sig själv. Ialdabaoth skapar i sin tur det materiella kosmos och styr det med underordnade krafter som är hans egna ofullkomliga avkommor. En uppsåtlig och illvillig figur, Ialdabaoth är omedveten om någon makt över honom och luras lätt av försynen till handlingar som antingen tjänar gudomliga ändamål eller hindras av motåtgärder från det gudomliga riket. Han inser inte att hans kosmos är mönstrad efter en mer transcendent värld, och han skryter okunnigt om att det inte finns någon Gud ovanför honom.

när, som svar på denna förklaring, bilden av den gudomliga mänskligheten ovan avslöjas på vattnet nedan—en anspelning på Genesis 1:2 (”jorden var en formlös tomrum och mörker täckte ansiktet på djupet, medan en vind från Gud svepte över vattenytan”)—Ialdabaoth och hans son härskare mode en Adam i sin likhet. Visdom lurar sedan Ialdabaoth att andas liv i figuren, en handling som tömmer honom av vilken kraft han hade fått från visdom och överför den till Adam. Den andliga kraften nu inom Adam framställs som en feminin enhet som förser honom med insikt som gör honom olydig mot Ialdabaoth. Den senare försöker sedan beröva Adam sin makt genom att sätta honom i sömn, extrahera kraften från Adams revben och forma den i form av en kvinna. Men Ialdabaoth plan misslyckas, för i denna översyn av den bibliska myten (Genesis 2:21-23), när Adam vaknar och ser kvinnan, Eva, upplever han en ännu djupare insikt, ett uppvaknande från ”mörkets berusning.”Rasande kastar Ialdabaoth paret från paradiset, introducerar sexuell lust och förför Eva och föder från hennes Kain och Abel. Eftersom deras far är en förtryckande archon snarare än en människa, dock, Kain och Abel är desamma. Som arkonter härskar de över de materiella elementen (eld, vind, jord och vatten) och därför också över de framtida människornas materiella kroppar. Adam avlar dock sin son Seth i likhet med den gudomliga Seth, son till Adamas, prototypen för den ideala mänskligheten. Den mänskliga rasen är alltså andligt säd Seth, men kroppslig inkarnation vid födseln innebär en glömma att gudomliga ursprung. Förverkligandet av ens andliga anor måste återuppväckas genom uppenbarelse.

temat är från platonisk filosofi, illustrerad i myten om Er i Platons republik, där en dödad krigare vid namn Er återupplivas kort på sin begravningsbål och berättar om vad han har sett om själarnas öde efter döden. Den långa berättelsen innehåller en beskrivning av reinkarnation och nödvändigheten av varje själ att dricka av glömskans flod innan den kommer in i en annan kropp. Enligt Apokryfonen, tills en själ räddas genom att ta emot uppenbarelse av sin sanna identitet, fortsätter den att uppleva ytterligare reinkarnationer. Om själar medvetet avvisar uppenbarelsen, kommer de att drabbas av evig fördömelse.