Philip IV motverkade eller till och med förhindrade publiceringen av Clericis laicos med en order som förbjuder all export av pengar och värdesaker från Frankrike och med utvisning av utländska köpmän. Även om dessa åtgärder var ett allvarligt hot mot påvliga intäkter, skulle de förmodligen inte ha tvingat Boniface till de långtgående eftergifter som han var tvungen att bevilja den franska kungen inom året, eftergifter som nästan uppgick till återkallande av Clericis laicos. Nödvändigheten av att komma till rätta var främst resultatet av ett uppror mot Boniface av en del av Colonna-familjen, en kraftfull anti-påvlig romersk familj som inkluderade två kardinaler, som kulminerade i väpnat rån av en stor mängd påvlig skatt i Maj 1297. Ett år av militär handling mot Colonna följde, vilket slutade med deras ovillkorliga kapitulation. De befriades från exkommunikation men återinfördes inte i sina kontor och ägodelar. De gjorde därför uppror igen och flydde; några av dem gick till Philip, med vilka de hade konspirerat, kanske redan före frågan om Clericis laicos.
få en Britannica Premium-prenumeration och få tillgång till exklusivt innehåll. Boniface första konflikt med den franske kungen följdes av en uppenbar försoning, som betonades av påvens kanonisering av Filips heliga förfader Louis IX. en andra konflikt, som bröt ut 1301 kring de falska anklagelserna mot en sydfransk biskop, Bernard Saisset av Pamiers, och hans sammanfattande rättegång och fängelse, visade sig vara oförenlig. Nu hotade kungen och menade att förstöra en av de mest grundläggande vinsterna som påvedömet hade gjort och upprätthållit i de stora striderna under de senaste två århundradena: påvlig, snarare än sekulär, kontroll av prästerskapet. Påven kunde inte kompromissa här, och i tjuren Ausculta fili (”lyssna Son”) han skarpt tillrättavisade Philip och krävde ändringar, särskilt frisläppandet av biskopen, som hade vädjat till Rom. Istället fick kungens kansler, Pierre Flotte, cirkulera ett förvrängt extrakt av tjuren och därmed förbereda den allmänna opinionen för Generalstaternas stora församling (Frankrikes lagstiftande organ) i April 1302, där adelsmän och borgare entusiastiskt och prästerskapet motvilligt stödde kungen.Boniface verkar dock ha haft goda skäl att hoppas på en gynnsam avslutning av konflikten, eftersom Filips här strax därefter besegrades katastrofalt av en liga av flamländska stadsbor och eftersom den tyska kungen och den blivande kejsaren, Albert I av Habsburg, var redo att ge upp sin franska allians om påven skulle erkänna den omtvistade legitimiteten i hans styre. Detta erkännande beviljades tidigt 1303 i termer som upphöjde det ideala och traditionella, men sällan realiserade, harmoniska förhållandet mellan påvedömet och det heliga romerska riket. Detta imperium sades nu av påven att ha-under ultimata påvliga överhöghet-en överherravälde över alla andra riken, inklusive Frankrike.i November 1302 hade Boniface utfärdat en ännu mer grundläggande förklaring om påvedömets ställning i den kristna världen, tjuren Unam sanctam (”en helig”), som har blivit den mest kända av alla påvliga dokument från medeltiden på grund av dess påstådda radikala och extrema formulering av innehållet i det påvliga kontoret. Tjuren som helhet är verkligen en stark men inte en ny åkallan av den andliga överhöghet över den tidsmässiga makten. Ändå är den gamla Gelasian doktrinen att båda makterna är distinkta och båda är från Gud tydligt, och i den slutliga dogmatiska meningen påven talar inte om den tidsmässiga makten utan om den mänskliga varelsen som föremål för den påvliga överflöd av makt, underkastelse som sägs vara nödvändig för frälsning.under tiden i Frankrike hade Philip IV: s rådgivare Guillaume de Nogaret tagit Flottes plats som ledare för en aktivt anti-påvlig kunglig politik. Philip stöddes i denna politik av andra fiender till påven, inklusive legaten som Boniface hade skickat till Frankrike under dessa kritiska månader och som förrådde sin herre, den franska kardinalen Jean Lemoine (Johannes Monachus). Många omotiverade anklagelser mot Boniface, allt från olagligt inträde i påvliga kontoret till kätteri, togs upp mot honom vid ett hemligt möte med kungen och hans rådgivare som hölls i Louvren i Paris, dessa anklagelser skulle tas upp och utarbetas senare under postum rättegång mot påven eftersträvas med Filip IV. Strax efter Louvren mötet, där Nogaret hade krävt fördömande av påven av en allmän rådet i kyrkan, Nogaret gick till Italien för att väcka upp, om möjligt, uppror mot påven.