tillfällig torrhet i näsa och hals, irritation, blödning eller obehaglig smak eller lukt kan förekomma. Nasal septumperforering rapporteras sällan. Sällsynta men lokaliserade infektioner i näsan och svalget med Candida albicans har rapporterats och långvarig användning kan öka risken för grå starr eller glaukom.

Flunisolid nässpray absorberas i cirkulationssystemet (blod). Kortikosteroid nässprayer kan påverka hypotalamus-hypofys-adrenalaxelfunktionen hos människor. Efter att den önskade kliniska effekten har erhållits bör underhållsdosen minskas till den minsta mängd som krävs för att kontrollera symtomen, vilket kan vara så lågt som 1 spray i varje näsborre om dagen. Att använda den minsta effektiva dosen minskar risken för biverkningar. Rekommenderade mängder intranasala kortikosteroider är i allmänhet inte associerade med systemiska biverkningar.

kortikosteroider hämmar sårläkning. Därför bör användning av kortikosteroid nässprayer hos patienter som nyligen har upplevt nasala septalsår, återkommande epistaxis, näskirurgi eller trauma, en nasal kortikosteroid användas med försiktighet tills läkning har inträffat. Under graviditeten är rekommenderade doser av intranasala kortikosteroider säkra och effektiva.