området runt Saltsjön är inte bebodd men det finns viss vallning och viss säsongsodling. Hot mot salthalten balansen från ökad igenslamning tillströmningar kommer från mer projicerade loggning i Natron vattendrag och en planerad vattenkraftverk på Ewaso Ng ’ iro över gränsen i Kenya. Även om utvecklingsplaner inkluderar byggandet av en vall i norra änden av sjön för att innehålla sötvatten, hotet om utspädning till denna grogrund kan fortfarande vara allvarligt. Det finns inget formellt skydd.
ett nytt hot mot Natronsjön är den föreslagna utvecklingen av en sodaaska på sina stränder. Anläggningen skulle pumpa vatten från sjön och extrahera natriumkarbonatet för att omvandlas till tvättpulver för export. Medföljande anläggningen skulle vara bostäder för över 1000 arbetare och ett koleldat kraftverk för att ge energi till växtkomplexet. Dessutom finns det en möjlighet att utvecklarna kan införa en hybrid saltlake räkor för att öka effektiviteten i utvinning.
enligt Chris Magin, RSPB: s internationella officer för Afrika, ”risken för att de mindre flamingoerna fortsätter att föda upp i ansiktet av sådan förödelse är nära noll. Denna utveckling kommer att lämna mindre flamingoer i Östafrika inför utrotning”. Sjuttiofem procent av världens mindre flamingoer är födda på Natronsjön. För närvarande driver en grupp på mer än femtio östafrikanska bevarande-och miljöinstitutioner en världsomspännande kampanj för att stoppa den planerade byggandet av soda ash factory av Tata Chemicals Ltd i Mumbai, Indien och National Development Corporation i Tanzania. Gruppen som arbetar under paraplynamnet Lake Natron Consultative Group samordnas av Ken Mwathe, Bevarandeprogramchef vid BirdLife Internationals Afrikas sekretariat.
enligt meddelandet från juni 2008 ska Tata Chemicals inte fortsätta med Natron-projektet och ytterligare omprövning av detta projekt kommer att omfattas av Ramsar Wetlands plan, som för närvarande håller på att utarbetas.på grund av sin unika biologiska mångfald namngav Tanzania Lake Natron Basin till Ramsar-listan över våtmarker av internationell betydelse den 4 juli 2001. Sjön är också World Wildlife Fund Östafrikanska halophytics ecoregion.