i veckor efter attacken på Pearl harbor tilldelade Marshall Clark två uppgifter som kan ha påverkat beslutet att fängsla alla japanska amerikaner på västkusten. I båda fallen ignorerades hans slutsatser som direkt eller indirekt motsatte sig uteslutning till stor del. I första hand, Marshall skickade Clark att besöka Western Defense Command som svar på sin befälhavare, General John DeWitt: s uppmaning till fler trupper för att försvara Västkusten. Efter fem dagars studier, han rapporterade till Marshall den Jan. 27, 1942 att beteckningen ”Theatre of operations” (satt den Dec. 11) tas bort av taktiska skäl, eftersom ”allt som behövs för att skydda västkusten är ett funktionellt kommando med uppdraget att försvara kustgränsen mot luft-och marinytan.”DeWitt och Army Provost Marshal General Allen Gullion motsatte sig, till stor del för att en sådan åtgärd skulle äventyra deras ansträngningar att ta bort alla japanska amerikaner från västkusten.

några dagar senare, den Feb. 3, vittnade han inför ett hus-Senatutskott för försvar av västkusten som ordförande av sen. Rufus Holman från Oregon. Tillsammans med chefen för Sjöoperationer Harold Stark, han uppgav att ”en invasion ansträngning var uteslutet” och att det mesta som fienden var kapabel till skulle vara ”att eventuellt ha en ubåt kasta några skal i någon stad som skulle vara en meningslös operation med utgångspunkt från praktiska resultat.”Hans avskedande av möjligheten till en japansk invasion av Västkusten överensstämde med rapporter från army intelligence och till synes undergrävde en av de viktigaste rationalerna för massuteslutning av japanska amerikaner.

Clarks andra och relaterade uppdrag var att undersöka vad som bör göras med japanska amerikaner på västkusten ur en militärplanerares perspektiv. I början av februari 1942 hade han kommit till slutsatsen att massavlägsnandet av japanska amerikaner som föreslogs av DeWitt och hans rådgivare var oklokt och ”uttryckte misstro” när DeWitt informerade honom om dessa planer den 12 februari. Med hänvisning till arbetskraftens krav på militären i ett massavlägsnande scenario—han trodde att 10 000 till 15 000 soldater skulle krävas för att skydda bara den fängslade främmande gruppen—argumenterade han istället för att identifiera ”kritiska installationer” för att skyddas genom att vräka fiendens utlänningar runt deras omkrets. Han rekommenderade också att” ringledare och misstänkta skulle interneras liberalt ” och även frekventa Raider och motpropaganda. Men hans mer motiverade förslag kom för sent, eftersom det mer drakoniska massavlägsnande scenariot redan hade godkänts av presidenten och krigsministern Henry Stimson , varav ingen frågade generalerna Clark eller Marshalls åsikter.

i januari 1943 utnämndes nu generallöjtnant Clark till befälhavare för den femte armen och ledde den allierade offensiven i Italien. Bland soldaterna under hans befäl var den 100: E infanteribataljonen, bestående av japanska amerikaner från Hawai ’ i. ursprungligen avvisad av General Dwight D. Eisenhower, Clark tog dem villigt och blev snart deras” mest entusiastiska supporter”, med hänvisning till deras” effektivitet ”och” snabba reaktion på fientlig opposition ” i deras första möten med fienden. I sin självbiografi erinrade han om att den 100: E var ”… en av de mest värdefulla tillgångarna i Fifth Army ”och att de” kämpade magnifikt under hela den italienska kampanjen.””Nisei-trupperna verkade vara mycket medvetna om att de hade möjlighet att bevisa lojaliteten hos tusentals amerikaner av japansk anor,” tillade han, ”och de betalade villigt ett högt pris för att uppnå det målet. Jag var stolt över att ha dem i femte hären.”

över Clarks invändningar överfördes 100: e och 442: e Regimental Combat Team (som införlivade 100: e) till Frankrike för att hjälpa till att ta Vogeserna i September 1944. I ett försök att förhindra detta föreslog han Marshall att den 100: e skulle brytas av från den 442: e och stanna kvar hos honom, medan den 442: e skulle skickas till Frankrike och hävdade att publicitetseffekterna skulle multipliceras i ett sådant scenario. ”Det är svårt för mig att överdriva den resa jag har upplevt med att ha den 100: e infanteribataljonen i femte armen”, skrev han dem i ett avskedsbrev. ”Jag vill uttrycka min uppriktiga uppskattning för det fantastiska jobb du har gjort och önskar dig all framgång i dina nya åtaganden.”Senare, i April 1945, återvände den 442: e till Italien och tjänstgjorde under Clark—som nu var befälhavare för femtonde Army Group med ansvar för alla allierade styrkor i Italien—under resten av kriget. Clark tog den tyska kapitulationen av Italien den 2 maj.