Hasta el siglo XX, las obras de Ireneo y otros heresiólogos (escritores cristianos ortodoxos que describían grupos poco ortodoxos) eran las principales fuentes de información sobre los movimientos gnósticos. Solo se conocía un puñado de manuscritos que contenían escritos auténticos de tales grupos; existían principalmente en dos conjuntos de textos coptos, el Códice Askew y el Códice Bruce, que fueron descubiertos en Egipto en el siglo XVIII, pero no publicados hasta el siglo XIX. Un tercer texto copto importante, conocido como el Códice de Berlín 8502, se anunció en 1896, pero no se publicó hasta mediados del siglo XX. En 1945, 12 códices adicionales y partes de un 13 códice, todos probablemente datados del siglo IV, fueron descubiertos cerca de la ciudad de Nag Hammadi (ahora Naj Ḥ Ḥammādī) en Egipto. La colección Nag Hammadi contiene traducciones coptas de más de cuatro docenas de escritos que son diversos en tipo y contenido, incluyendo «dichos secretos» de Jesús, obras no cristianas pertenecientes a la tradición hermética egipcia, tratados teológicos y largas historias mitológicas. Muchas de las obras también contienen doctrinas o mitos que fueron condenados por Ireneo y otros heresiólogos.

Entre los escritos de Nag Hammadi hay tres copias separadas del Apócrifo de Juan, un mito gnóstico especialmente importante; una cuarta copia está incluida en el Códice de Berlín 8502. Correspondiendo estrechamente al mito que Ireneo atribuyó a la secta llamada gnostikê, el Apócrifo pretende ser una revelación secreta de Jesús que fue recibida en una visión por el apóstol Juan. Transmite la verdadera naturaleza del reino divino y su relación con el cosmos material y la humanidad. Mientras que el dios trascendente o espíritu invisible es inconcebible e inefable, el pleroma (griego: «perfección plena») de lo divino es una familia jerárquica de eones personificados, que emergen como el fruto de la auto-contemplación o auto-expresión del espíritu. Por ejemplo, como en el mito descrito por Ireneo, Barbelo emerge como el primer pensamiento del dios trascendente, y pronto es acompañada por el Conocimiento Previo, la Incorruptibilidad, la Vida Eterna y otros. El reino material imperfecto se entiende como una copia del reino espiritual perfecto, una idea en parte derivada de la doctrina Platónica de las ideas o formas. El mito también se basa en el tema bíblico de la humanidad como formada a imagen de Dios (Génesis 1:26-27); la humanidad verdadera o divina, sin embargo, es esa familia espiritual traída a la existencia en el reino de la perfección como la imagen del espíritu. Ese reino es la morada de los Adamas espirituales, su hijo Set, y la raza o descendencia de Set.

El creador del reino visible y del Adán y Eva terrenales del Jardín Bíblico del Edén es un ser menor, un gobernante (arconte) llamado Ialdabaoth, que es una oscura caricatura del Dios creador del Génesis y el demiurgo del Platonismo. La sabiduría, la entidad más baja en el reino de la perfección, crea Ialdabaoth en un intento no autorizado de producir una semejanza de sí misma. Ialdabaoth a su vez crea el cosmos material y lo gobierna con poderes subordinados que son su propia descendencia imperfecta. Figura intencionada y malévola, Ialdabaoth no es consciente de ningún poder sobre él y es fácilmente engañado por la providencia en acciones que sirven a fines divinos o son bloqueadas por contramedidas del reino divino. No se da cuenta de que su cosmos está modelado según un reino más trascendente, y se jacta ignorantemente de que no hay dios por encima de él.

Cuando, en respuesta a esa declaración, la imagen de la humanidad divina de arriba se revela en las aguas de abajo, una alusión a Génesis 1:2 («la tierra era un vacío sin forma y la oscuridad cubría la faz de las profundidades, mientras que un viento de Dios barría la faz de las aguas»)—Ialdabaoth y su los gobernantes hacen un Adán a su semejanza. La sabiduría engaña a Ialdabaoth para que insufle vida a la figura, un acto que lo vacía del poder que había recibido de la Sabiduría y lo transfiere a Adán. El poder espiritual que ahora está dentro de Adán es retratado como una entidad femenina que le proporciona perspicacia que lo hace desobediente a Ialdabaoth. Este último entonces intenta privar a Adán de su poder poniéndolo a dormir, extrayendo el poder de la costilla de Adán y moldeándolo en la forma de una mujer. Pero el plan de Ialdabaoth falla, porque, en esta revisión del mito bíblico (Génesis 2:21-23), cuando Adán despierta y contempla a la mujer, Eva, experimenta una visión aún más profunda, un despertar de la «embriaguez de las tinieblas».»Enfurecido, Ialdabaoth expulsa a la pareja del paraíso, introduce el deseo sexual, seduce a Eva y engendra a Caín y Abel. Sin embargo, debido a que su padre es un arconte opresivo en lugar de un humano, Caín y Abel son lo mismo. Como arcontes, gobiernan sobre los elementos materiales (fuego, viento, tierra y agua) y, por lo tanto, también sobre los cuerpos materiales de los futuros seres humanos. Sin embargo, Adán engendra a su hijo Set a semejanza del divino Set, hijo de Adamas, el prototipo de la humanidad ideal. La raza humana es, pues, espiritualmente la semilla de Set, aunque la encarnación corporal al nacer implica el olvido de ese origen divino. La comprensión de la ascendencia espiritual de uno debe ser despertada por la revelación.

El tema es de la filosofía platónica, ilustrado en el mito de Er en la República de Platón, en el que un guerrero asesinado llamado Er es revivido brevemente en su pira funeraria y cuenta lo que ha visto del destino de las almas después de la muerte. El largo relato incluye una descripción de la reencarnación y de la necesidad de que cada alma beba del río del Olvido antes de entrar en otro cuerpo. Según el Apócrifo, hasta que un alma se salva al recibir la revelación de su verdadera identidad, continúa experimentando más reencarnaciones. Si las almas rechazan a sabiendas la revelación, sufrirán la condenación eterna.

Varios textos de Nag Hammadi incluyen mitos que son similares a los del Apócrifo de Juan. La tradición a veces ha sido etiquetada como «Sethiana» debido al papel prominente de la figura de Set en varias de esas obras. Los orígenes de la mitología sethiana siguen siendo inciertos, pero puede haber surgido antes del nacimiento del cristianismo o aparte del cristianismo en los círculos judíos heterodoxos. Podría haber sido adaptado por escritores cristianos que identificaron a Jesús con la figura reveladora original del mito. En cualquier caso, hay una diversidad significativa entre las llamadas fuentes sethianas, y es probable que se vean mejor como productos de diferentes etapas de una compleja serie de innovaciones religiosas.