Bis zum 20.Jahrhundert waren die Werke von Irenäus und anderen Häresiologen (orthodoxe christliche Schriftsteller, die unorthodoxe Gruppen beschrieben) die wichtigsten Informationsquellen über gnostische Bewegungen. Es waren nur eine Handvoll Manuskripte bekannt, die die authentischen Schriften solcher Gruppen enthielten; Sie existierten hauptsächlich in zwei Sätzen koptischer Texte, dem Askew Codex und dem Bruce Codex, die im 18. Ein dritter wichtiger koptischer Text, bekannt als der Berliner Codex 8502, wurde 1896 angekündigt, aber erst Mitte des 20. 1945 wurden in der Nähe der Stadt Nag Hammadi (heute Najʿ Ḥammādī) in Ägypten 12 weitere Codices und Teile eines 13. Codex entdeckt, die wahrscheinlich alle aus dem 4. Jahrhundert stammen. Die Nag Hammadi-Sammlung enthält koptische Übersetzungen von mehr als vier Dutzend Schriften, die in Art und Inhalt unterschiedlich sind, darunter „geheime Sprüche“ Jesu, nichtchristliche Werke der ägyptischen hermetischen Tradition, theologische Abhandlungen und lange mythologische Geschichten. Viele der Werke enthalten auch Lehren oder Mythen, die von Irenäus und anderen Häresiologen verurteilt wurden.

Unter den Nag Hammadi Schriften sind drei separate Kopien des Apokryphon von John, eine besonders wichtige gnostische Mythos; eine vierte Kopie ist in der Berliner Codex 8502. In enger Übereinstimmung mit dem Mythos, den Irenäus der Sekte namens Gnostiker zuschrieb, gibt der Apokryphon vor, eine geheime Offenbarung von Jesus zu sein, die in einer Vision des Apostels Johannes empfangen wurde. Es vermittelt die wahre Natur des göttlichen Reiches und seine Beziehung zum materiellen Kosmos und zur Menschheit. Während der transzendente Gott oder der unsichtbare Geist unvorstellbar und unaussprechlich ist, ist das Pleroma (griechisch: „volle Vollkommenheit“) des Göttlichen eine hierarchische Familie personifizierter Äonen, die als Frucht der Selbstbetrachtung oder des Selbstausdrucks des Geistes hervorgehen. Zum Beispiel taucht Barbelo, wie in dem von Irenäus beschriebenen Mythos, als erster Gedanke an den transzendenten Gott auf, und sie wird bald von Vorwissen, Unbestechlichkeit, ewigem Leben und anderen begleitet. Der unvollkommene materielle Bereich wird als Kopie des perfekten spirituellen Bereichs verstanden, einer Idee, die teilweise aus der platonischen Lehre von Ideen oder Formen abgeleitet ist. Der Mythos bezieht sich auch auf das biblische Thema der Menschheit als Abbild Gottes (Genesis 1: 26-27); Wahre oder göttliche Menschheit ist jedoch die geistige Familie, die im Bereich der Vollkommenheit als Abbild des Geistes ins Leben gerufen wurde. Dieses Reich ist der Wohnort des spirituellen Adamas, seines Sohnes Seth und der Rasse oder Nachkommen von Seth.Der Schöpfer des sichtbaren Reiches und des irdischen Adam und Eva des biblischen Gartens Eden ist ein geringeres Wesen, ein Herrscher (Archon) namens Ialdabaoth, der eine dunkle Karikatur des Schöpfergottes der Genesis und des Demiurgen des Platonismus ist. Weisheit, das niedrigste Wesen im Reich der Vollkommenheit, erschafft Ialdabaoth in einem unbefugten Versuch, ein Abbild von sich selbst zu erzeugen. Ialdabaoth wiederum erschafft den materiellen Kosmos und regiert ihn mit untergeordneten Mächten, die seine eigenen unvollkommenen Nachkommen sind. Eine vorsätzliche und böswillige Figur, Ialdabaoth ist sich keiner Macht über ihm bewusst und wird von der Vorsehung leicht zu Handlungen verleitet, die entweder göttlichen Zwecken dienen oder durch Gegenmaßnahmen aus dem göttlichen Bereich behindert werden. Er erkennt nicht, dass sein Kosmos einem transzendenteren Bereich nachempfunden ist, und er rühmt sich unwissentlich, dass es keinen Gott über ihm gibt.

Als Antwort auf diese Erklärung das Bild der göttlichen Menschheit oben auf dem Wasser unten offenbart wird — eine Anspielung auf Genesis 1:2 („Die Erde war eine formlose Leere und Dunkelheit bedeckte das Gesicht der Tiefe, während ein Wind von Gott über das Gesicht des Wassers fegte“) — Ialdabaoth und seine Herrscher gestalten einen Adam in seine Ähnlichkeit. Die Weisheit bringt Ialdabaoth dann dazu, der Figur Leben einzuhauchen, ein Akt, der ihn von der Macht befreit, die er von der Weisheit erhalten hat, und sie auf Adam überträgt. Die spirituelle Kraft, die jetzt in Adam ist, wird als eine weibliche Einheit dargestellt, die ihm Einsicht gibt, die ihn ungehorsam gegenüber Ialdabaoth macht. Letzterer versucht dann, Adam seiner Macht zu berauben, indem er ihn einschläft, die Macht aus Adams Rippe zieht und sie in die Form einer Frau formt. Aber Ialdabaoths Plan scheitert, denn in dieser Überarbeitung des biblischen Mythos (Genesis 2:21-23), als Adam erwacht und die Frau Eva erblickt, erfährt er eine noch tiefere Einsicht, ein Erwachen aus der „Trunkenheit der Dunkelheit.“ Wütend wirft Ialdabaoth das Paar aus dem Paradies, führt sexuelles Verlangen ein und verführt Eva und zeugt von ihr Kain und Abel. Weil ihr Vater jedoch eher ein bedrückender Archon als ein Mensch ist, sind Kain und Abel dasselbe. Als Archonten herrschen sie über die materiellen Elemente (Feuer, Wind, Erde und Wasser) und damit auch über die materiellen Körper zukünftiger Menschen. Adam zeugt jedoch seinen Sohn Seth in der Gestalt des göttlichen Seth, Sohn von Adamas, dem Prototyp der idealen Menschheit. Die menschliche Rasse ist somit geistig der Same Seths, obwohl die körperliche Inkarnation bei der Geburt ein Vergessen dieses göttlichen Ursprungs mit sich bringt. Die Erkenntnis der eigenen spirituellen Abstammung muss durch Offenbarung wiedererweckt werden.Das Thema stammt aus der platonischen Philosophie, illustriert im Mythos von Er in Platons Republik, in dem ein getöteter Krieger namens Er kurz auf seinem Scheiterhaufen wiederbelebt wird und erzählt, was er vom Schicksal der Seelen nach dem Tod gesehen hat. Der lange Bericht enthält eine Beschreibung der Reinkarnation und der Notwendigkeit jeder Seele, aus dem Fluss der Vergesslichkeit zu trinken, bevor sie in einen anderen Körper kommt. Nach dem Apokryphon erfährt eine Seele, bis sie durch Offenbarung ihrer wahren Identität gerettet wird, weiterhin weitere Reinkarnationen. Wenn Seelen wissentlich die Offenbarung ablehnen, werden sie ewige Verdammnis erleiden.

Mehrere Nag Hammadi-Texte enthalten Mythen, die denen des Apokryphons des Johannes ähneln. Die Tradition wurde manchmal als „Sethian“ bezeichnet, da die Figur Seth in mehreren dieser Werke eine herausragende Rolle spielt. Die Ursprünge der Sethian Mythologie bleiben ungewiss, aber es kann vor der Geburt des Christentums oder abgesehen vom Christentum in heterodoxen jüdischen Kreisen entstanden sein. Es könnte dann von christlichen Schriftstellern adaptiert worden sein, die Jesus mit der ursprünglichen Offenbarerfigur des Mythos identifizierten. In jedem Fall gibt es eine erhebliche Vielfalt unter den sogenannten sethianischen Quellen, und sie werden wahrscheinlich am besten als Produkte verschiedener Stadien einer komplexen Reihe religiöser Innovationen angesehen.