Mangels natürlicher Verteidigung hing die fortgesetzte englische Kontrolle über Calais von Befestigungen ab, die mit einem gewissen Aufwand aufrechterhalten und aufgebaut wurden. In der Nähe von Calais wurden die französisch-burgundischen Streitkräfte häufig gegen die englischen Garnisonstruppen und gegen das Herzogtum Burgund eingesetzt. Erleichtert durch die lange Konfrontation zwischen Burgund und Frankreich konnte die englische Herrschaft über Calais 150 Jahre lang gedeihen. Die Franzosen und die Burgunder begehrten die Stadt, zogen es aber vor, sie eher unter den Engländern als unter ihrem Rivalen zu sehen.Am 1. Januar 1558 investierte die französische Avantgarde Sangatte, Fréthun und Nielles, und das Armeekorps reduzierte Fort Risban am nächsten Tag. Am 3. Januar zog die Artillerie in Fort Nieulay bei Rysbank ein. Thomas, Lord Wentworth, völlig überwältigt von einem Blitzangriff, übergab den Franzosen am 7. Januar die Schlüssel der Stadt. Die Beute der Franzosen war mehr, als sie erhofft hatten: Essen für drei Monate und fast 300 Waffen. Die englische Verteidigung von Guînes und Hames fiel bald auch. Heinrich II. von Frankreich erreichte Calais am 23.Januar 1558. Frankreich hatte das letzte Gebiet zurückerobert, das es im Hundertjährigen Krieg verloren hatte, und zwei Jahrhunderte Kämpfe zwischen England und Frankreich beendet. Die neue französische Regierung machte eine besonders effiziente Abgrenzung der Grenze, schuf eine neue Aufteilung des Ackerlandes, reorganisierte die 24 Pfarreien und rekonstruierte Dörfer und Kirchen. Den englischen Bewohnern kam kein Schaden zu: Nach einer eher ungemütlichen Nacht wurden sie zu den wartenden Booten eskortiert und sicher über den Ärmelkanal gebracht.

In England gab es Schock und Unglauben über den Verlust dieses letzten kontinentalen Territoriums. Die Geschichte besagt, dass Königin Mary einige Monate später auf ihrem Sterbebett ihren Damen sagte: „Wenn ich tot und aufgeschnitten bin, werden sie Philip und Calais in mein Herz eingeschrieben finden.“