Philipp IV. konterte oder verhinderte sogar die Veröffentlichung von Clericis laicos mit einem Befehl, der den Export von Geld und Wertsachen aus Frankreich und die Ausweisung ausländischer Kaufleute verbot. Obwohl diese Maßnahmen eine ernsthafte Bedrohung für die päpstlichen Einnahmen darstellten, hätten sie Bonifatius allein wahrscheinlich nicht zu den weitreichenden Zugeständnissen gezwungen, die er dem französischen König innerhalb des Jahres gewähren musste, Zugeständnisse, die fast einem Widerruf von Clericis laicos gleichkamen. Die Notwendigkeit, sich zu einigen, war in erster Linie das Ergebnis eines Aufstands gegen Bonifatius durch einen Teil der Familie Colonna, einer mächtigen anti-päpstlichen römischen Familie, zu der zwei Kardinäle gehörten, der im Mai 1297 in dem bewaffneten Raub einer großen Menge päpstlichen Schatzes gipfelte. Es folgte ein Jahr militärischer Aktion gegen die Colonna, die mit ihrer bedingungslosen Kapitulation endete. Sie wurden von der Exkommunikation freigesprochen, aber nicht in ihre Ämter und Besitztümer zurückversetzt. Sie rebellierten daher erneut und flohen; einige von ihnen gingen zu Philipp, mit dem sie sich vielleicht schon vor der Ausgabe von Clericis laicos verschworen hatten.
Holen Sie sich ein Britannica Premium-Abonnement und erhalten Sie Zugang zu exklusiven Inhalten. Auf Bonifatius ‚ersten Konflikt mit dem französischen König folgte eine scheinbare Versöhnung, die durch die Heiligsprechung von Philipps heiligem Vorfahren Ludwig IX. durch den Papst unterstrichen wurde. Ein zweiter Konflikt, der 1301 um die erfundenen Anklagen gegen einen südfranzösischen Bischof, Bernard Saisset von Pamiers, und seine summarische Verhandlung und Inhaftierung ausbrach, erwies sich als unvereinbar. Nun drohte der König und wollte einen der grundlegendsten Gewinne zerstören, die das Papsttum in den großen Kämpfen der letzten zwei Jahrhunderte erzielt und aufrechterhalten hatte: päpstliche statt weltliche Kontrolle des Klerus. Der Papst konnte hier keine Kompromisse eingehen, und in der Bulle Ausculta fili („Mein Sohn“) tadelte er Philipp scharf und forderte Wiedergutmachung, insbesondere die Freilassung des Bischofs, der an Rom appelliert hatte. Stattdessen durfte der Kanzler des Königs, Pierre Flotte, einen verzerrten Auszug der Bulle in Umlauf bringen und so die öffentliche Meinung auf die große Versammlung der Generalstaaten (die gesetzgebende Körperschaft Frankreichs) im April 1302 vorbereiten, in der Adlige und Bürger enthusiastisch und der Klerus widerwillig den König unterstützten.Bonifatius scheint dennoch guten Grund gehabt zu haben, auf eine günstige Beendigung des Konflikts zu hoffen, weil Philipps Armee kurz darauf von einem Bund flämischer Bürger katastrophal besiegt wurde und weil der deutsche König und zukünftige Kaiser Albert I. von Habsburg bereit war, sein französisches Bündnis aufzugeben, wenn der Papst die umstrittene Legitimität seiner Herrschaft anerkennen würde. Diese Anerkennung wurde Anfang 1303 in Begriffen gewährt, die die ideale und traditionelle, wenn auch selten verwirklichte, harmonische Beziehung zwischen dem Papsttum und dem Heiligen Römischen Reich erhöhten. Dieses Reich soll nun – unter ultimativer päpstlicher Vorherrschaft — eine Oberherrschaft über alle anderen Königreiche, einschließlich Frankreich, besitzen.Im November 1302 hatte Bonifatius eine noch grundlegendere Erklärung über die Stellung des Papsttums in der christlichen Welt abgegeben, die Bulle Unam sanctam („Ein Heiliger“), die wegen ihrer angeblich radikalen und extremen Formulierung des Inhalts des päpstlichen Amtes zum bekanntesten aller päpstlichen Dokumente des Mittelalters geworden ist. Der Stier als Ganzes ist in der Tat eine starke, aber keine neuartige Anrufung der Vorherrschaft des Geistigen über die zeitliche Macht. Nichtsdestotrotz wird die alte gelasische Doktrin, dass beide Mächte verschieden sind und beide von Gott sind, klar dargelegt, und im letzten dogmatischen Satz spricht der Papst nicht von der zeitlichen Macht, sondern vom menschlichen Geschöpf als Gegenstand der päpstlichen Machtfülle, Unterwerfung, von der gesagt wird, dass sie für die Erlösung notwendig ist.Unterdessen hatte in Frankreich der Rat von Philip IV Guillaume de Nogaret (Guillaume de Nogaret) den Platz von Flotte als der Führer einer aktiv anti-päpstlichen königlichen Politik genommen. Philipp wurde in dieser Politik von anderen Feinden des Papstes unterstützt, einschließlich des Legaten, den Bonifatius in diesen kritischen Monaten nach Frankreich geschickt hatte und der seinen Meister, den französischen Kardinal Jean Lemoine (Johannes Monachus), verriet. Viele ungerechtfertigte Anschuldigungen gegen Bonifatius, von unrechtmäßigem Eintritt in das päpstliche Amt bis hin zur Häresie, wurden bei einem geheimen Treffen des Königs und seiner Berater im Louvre in Paris gegen ihn erhoben; Diese Anschuldigungen sollten später während des von Philipp IV. verfolgten posthumen Prozesses gegen den Papst aufgegriffen und ausgearbeitet werden. Kurz nach dem Louvre-Treffen, bei dem Nogaret die Verurteilung des Papstes durch einen Generalrat der Kirche gefordert hatte, ging Nogaret nach Italien, um, wenn möglich, Rebellion gegen den Papst zu schüren.