Vorübergehende Trockenheit der Nase und des Rachens, Reizung, Blutung oder unangenehmer Geschmack oder Geruch können auftreten. Eine Perforation des Nasenseptums wird selten berichtet. Seltene, aber lokalisierte Infektionen der Nase und des Rachens mit Candida albicans wurden berichtet, und langfristige Anwendung kann die Wahrscheinlichkeit von Katarakten oder Glaukom erhöhen.

Flunisolid Nasenspray wird in das Kreislaufsystem (Blut) absorbiert. Corticosteroid-Nasensprays können die Funktion der Hypothalamus-Hypophysen-Nebennieren-Achse beim Menschen beeinträchtigen. Nachdem der gewünschte klinische Effekt erzielt wurde, sollte die Erhaltungsdosis auf die zur Kontrolle der Symptome erforderliche Mindestmenge reduziert werden, die bis zu 1 Spray pro Nasenloch pro Tag betragen kann. Die Verwendung der minimalen wirksamen Dosis verringert die Möglichkeit von Nebenwirkungen. Empfohlene Mengen an intranasalen Kortikosteroiden sind im Allgemeinen nicht mit systemischen Nebenwirkungen verbunden.

Kortikosteroide hemmen die Wundheilung. Daher sollte die Verwendung von Corticosteroid-Nasensprays bei Patienten, bei denen kürzlich Nasenseptumgeschwüre, rezidivierende Nasenbluten, Nasenoperationen oder Traumata aufgetreten sind, ein nasales Corticosteroid mit Vorsicht angewendet werden, bis eine Heilung eingetreten ist. In der Schwangerschaft sind empfohlene Dosen von intranasalen Kortikosteroiden sicher und wirksam.