Einer der großen Konflikte innerhalb der Arbeiterbewegung bestand zwischen den Handwerksgewerkschaften und den Industriegewerkschaften. Als die American Federation of Labor zeigte Zurückhaltung ungelernte Arbeiter zu organisieren, John L. Lewis erstellt das Komitee für Industrieorganisation innerhalb der AFL im Jahr 1935. Im folgenden Jahr, nicht bereit, den Forderungen des CIO nachzukommen, Die AFL wies die Mitglieder des CIO aus, die sich zwei Jahre später im Kongress der Industrieorganisationen organisierten.Lewis gründete das Committee for Industrial Organization, als er erkannte, dass Gewinne für Bergleute verloren gehen könnten, wenn er keine „gefangenen Minen“ wie die der United States Steel Company der Stahlproduzenten organisiere, die allein 170.000 Arbeiter beschäftigten. Da dies bedeutete, sowohl ungelernte als auch qualifizierte Arbeitskräfte einzubeziehen, widersetzten sich viele der Handwerksgewerkschaften innerhalb der AFL den Bemühungen, Massenproduktionsindustrien zu organisieren. Der CIO erwies sich als sehr erfolgreich und hatte innerhalb weniger Jahre große Stahl-, Automobil-, Gummi- und andere wichtige Industrien organisiert. Dies verschärfte das Schisma innerhalb der AFL, die sich weigerte, die neuen Gewerkschaften zu akzeptieren, weil sie sowohl Industriearbeiter als auch Industriegewerkschaften als ungelernte Arbeiter betrachteten.Da Lewis keine Zukunft für Industriegewerkschaften im Rahmen der AFL sah, zog er sie zurück und gründete 1938 den Kongress der Industrieorganisationen, dessen erster Präsident er wurde. Auf der Gründungsversammlung, die vom 14. bis 18.November 1938 in Pittsburgh, Pennsylvania, stattfand, erkannte Lewis die Bemühungen von Samuel Gompers an, die Arbeit in einem früheren Stadium der amerikanischen Wirtschaft zu organisieren, wies jedoch auf das Versagen der AFL hin, die Massen von Arbeitern in den großen Industrieunternehmen zu organisieren.Zur gleichen Zeit, weniger als ein Jahr vor dem Ausbruch des Krieges in Europa, erinnerte Lewis die Finanz- und Wirtschaftsführer Amerikas daran, dass, wenn Amerika, wie es damals wahrscheinlich schien, in einen Weltkonflikt hineingezogen würde, es die Arbeit sein würde, nicht das Management und nicht die Eigentümer, die die Demokratie durch ihre service.In 1940, in einem Versuch, sein Prestige zu nutzen, um das Präsidentschaftsergebnis zu beeinflussen, schwor Lewis, als CIO-Präsident zurückzutreten, wenn Franklin Roosevelt wiedergewählt würde. Lewis, der ein Republikaner war, hatte ursprünglich Roosevelt für seine ersten beiden Amtszeiten unterstützt, aber später begann zu fühlen, dass der Demokrat Roosevelt die Gewerkschaften nicht unterstützte, und wenn ein republikanischer Kandidat mit Hilfe von Labour-Stimmen gewählt würde, würde die Gewerkschaft belohnt werden. Nach Erfüllung seines Versprechens ging die Präsidentschaft an Philip Murray, Präsident der United Steel Workers, über. Murray behielt seine Position bis zu seinem Tod 1952. Walter Reuther von den United Auto Workers wurde der letzte Präsident des CIO, vor seiner historischen Fusion mit der AFL.Die Mitgliederzahl im CIO stieg von vier Millionen im Jahr 1938 auf sechs Millionen im Jahr 1945. In den Jahren 1949 und 1950 schloss der CIO 11 angeschlossene Gewerkschaften wegen kommunistischer Verbindungen aus. Obwohl fast 650.000 Mitglieder in diesen Gewerkschaften waren, schlossen sich viele dem CIO in Gewerkschaften an, die als Alternativen zu denen gegründet worden waren, die er als kommunistisch dominiert ansah.Die Unterscheidung zwischen einer reinen Handwerksgewerkschaft AFL, und die in erster Linie Industriegewerkschaft CIO, im Laufe der Jahre verschwommen. Aufgrund von Meinungsverschiedenheiten zwischen den Fraktionen wurden die Gewerkschaften in einigen Branchen in eine AFL-Gewerkschaft und eine CIO-Gewerkschaft aufgeteilt. Die International Ladies Garment Workers Union (ILGWU) war eine der ursprünglichen CIO-Gewerkschaften, kehrte aber bald zur AFL zurück.So hatte die AFL bis 1952, dem Jahr, in dem die Präsidenten von AFL und CIO starben, fast die Hälfte ihrer Mitglieder in Industriegewerkschaften. Im Laufe der Zeit wurde der Drang zur Fusion stärker und 1955 fusionierten die beiden Organisationen durch die Bemühungen von Reuther zum AFL-CIO. Ab 2005 umfasste die Föderation der AFL-CIO mehr als 13 Millionen amerikanische Arbeiter in 58 Mitgliedsgewerkschaften in fast jedem Sektor der US-Wirtschaft.