Das Gebiet um den Salzsee ist nicht bewohnt, aber es gibt einige Herden und einige saisonale Anbau. Bedrohungen für den Salzhaushalt durch erhöhte Verschlammungszuflüsse werden durch mehr geplanten Holzeinschlag in Natron-Wassereinzugsgebieten und ein geplantes Wasserkraftwerk am Ewaso Ng’iro jenseits der Grenze in Kenia entstehen. Obwohl die Entwicklungspläne den Bau eines Deiches am nördlichen Ende des Sees zur Eindämmung des Süßwassers vorsehen, kann die Gefahr einer Verdünnung dieses Brutplatzes immer noch ernst sein. Es gibt keinen formellen Schutz.
Eine neue Bedrohung für den Natronsee ist die vorgeschlagene Entwicklung einer Sodaanlage an seinen Ufern. Die Anlage würde Wasser aus dem See pumpen und das Natriumcarbonat extrahieren, um es für den Export in Waschpulver umzuwandeln. Begleitend zur Anlage würden Wohnungen für über 1000 Arbeiter und ein Kohlekraftwerk zur Energieversorgung des Anlagenkomplexes entstehen. Darüber hinaus besteht die Möglichkeit, dass die Entwickler eine Hybrid-Salzgarnele einführen, um die Effizienz der Extraktion zu erhöhen.
Laut Chris Magin, dem internationalen Afrika-Beauftragten der RSPB, „ist die Wahrscheinlichkeit, dass die kleinen Flamingos angesichts eines solchen Chaos weiter brüten, nahezu Null. Diese Entwicklung wird dazu führen, dass kleinere Flamingos in Ostafrika vom Aussterben bedroht sind „. Fünfundsiebzig Prozent der kleinen Flamingos der Welt werden am Natronsee geboren. Derzeit führt eine Gruppe von mehr als fünfzig ostafrikanischen Naturschutzeinrichtungen und Umweltinstitutionen eine weltweite Kampagne durch, um den geplanten Bau der Soda-Aschefabrik durch Tata Chemicals Ltd aus Mumbai, Indien, und die National Development Corporation aus Tansania zu stoppen. Die Gruppe, die unter dem Dachnamen Lake Natron Consultative Group arbeitet, wird von Ken Mwathe, Conservation Programme Manager im Afrika-Sekretariat von BirdLife International, koordiniert.Gemäß der Mitteilung vom Juni 2008 wird Tata Chemicals mit dem Natron-Projekt nicht fortfahren, und eine weitere Überprüfung dieses Projekts wird dem Ramsar-Feuchtgebietsplan unterliegen, der sich derzeit in Vorbereitung befindet.Wegen seiner einzigartigen Artenvielfalt hat Tansania den Natronsee am 4. Juli 2001 in die Ramsar-Liste der Feuchtgebiete von internationaler Bedeutung aufgenommen. Der See ist auch der World Wildlife Fund East African Halophytics Ecoregion.