Nach seiner Spielerkarriere ist Renteria im Baseball geblieben. Sein erster Minor-League-Managerjob war 1998 bei den Brevard County Manatees in der Marlins-Organisation. Er fuhr fort, bis 2001 im Marlins-System zu verwalten. 2003 wurde er zum Hitting Coach für den Lake Elsinore Storm in der Padres-Organisation ernannt und 2004 zum Manager des Sturms. Nach drei Spielzeiten bei The Storm wechselte er 2007 zu den Triple-A Portland Beavers. Er wurde 2008 zu einem Trainerjob in der Major League befördert.

Renteria wechselte zum Padres Bench Coach für 2011. Er leitete auch die mexikanische Baseball-Nationalmannschaft in der 2013 World Baseball Classic. Am 7. November 2013 wurde Renteria als Manager der Chicago Cubs eingestellt. Nach einer Saison im Job wurde er am 31. Oktober 2014 gekündigt, eine Woche nachdem sein Cubs-Nachfolger Joe Maddon seinen Vertrag bei den Tampa Bay Rays gekündigt hatte.Für die Saison 2016 wurde Renteria von den Chicago White Sox als Banktrainer engagiert.Für die Saison 2017 ersetzte Renteria White Sox-Manager Robin Ventura. Renteria war nach Johnny Evers der zweite Manager in der Geschichte des Baseballs in Chicago, der beide Franchise-Unternehmen der Stadt leitete. Im Jahr 2017 wurde er sieben Mal ausgeworfen, mehr als jeder andere Manager in den großen Ligen. Im Jahr 2020 führte er die White Sox zum ersten Mal seit 2008 in die Playoffs. Sie verloren in der Wild Card Series in 3 Spielen gegen die Oakland Athletics. Im Oktober 12, Die White Sox gaben bekannt, dass Renteria nicht als Manager zurückkehren würde, Er beendete seine Amtszeit mit dem Team und hatte noch ein Jahr Vertrag. Sein Gesamtrekord in vier Spielzeiten mit den Sox war 236-309.