Der Zisterzienserorden hat seinen historischen Ursprung in Cîteaux, einem französischen Kloster, das 1098 von einer Gruppe von Mönchen unter der Leitung des heiligen Robert von Molesme gegründet wurde. Nachdem die Gemeinde die Abtei von Molesme verlassen hatte, um ein neues Kloster zu gründen, machte sie sich daran, ein Leben zu führen, das der Einfachheit der Regel des heiligen Benedikt treu blieb. Inspiriert vom starken Geist der kirchlichen und klösterlichen Reform dieser Zeit wollten sie einige der Entwicklungen im klösterlichen Leben, die mit der angesehenen und einflussreichen Benediktinerabtei Cluny verbunden waren, beiseite legen. Konkret, St.. Robert und seine Mönche nahmen eine Reihe von Idealen an, die bei zeitgenössischen Klosterreformern beliebt waren: dazu gehörten der Wunsch nach einem wirksamen Gleichgewicht zwischen Gebet und ernsthafter Arbeit, die Betonung der Armut des Evangeliums und die Loslösung von weltlichen Angelegenheiten sowie ein Stil des Gemeinschaftslebens nach dem Vorbild der Apostel und der ersten Christen (vgl. Apostelgeschichte 2:42-47; 4:32-35). Im Wesentlichen wollten sie nach neuen und authentischen Wegen suchen, ihr Leben als Mönch als Antwort auf den Ruf Gottes zu leben, ein Programm der Unterscheidung, das sowohl die Treue zu einer breiteren und älteren klösterlichen Tradition als auch eine aufrichtige Aufmerksamkeit für das Leben und die Zeiten beinhaltete, in denen sie lebten.

Der Eifer und die Inspiration der ersten Mönche in Cîteaux wurden bald auf die Probe gestellt. Aus den verfügbaren Quellen geht hervor, dass aufgrund der etwas zweideutigen Beziehung zwischen dem neuen Kloster und dem Benediktinerhaus, das die Mönche verlassen hatten, einige Spannungen entstanden sind. Um den Frieden zu bewahren, musste der heilige Robert nach kurzer Zeit Cîteaux verlassen und nach Molesme zurückkehren, um dort seine Aufgaben als Abt wieder aufzunehmen. Aus diesem Grund wird er in der Zisterzienser-Ikonographie oft als Benediktinermönch dargestellt, der eine schwarze Gewohnheit trägt, anstelle der traditionellen weiß-schwarzen Gewohnheit des Zisterzienserordens. Einige Mönche beschlossen, mit St. Robert zurückzukehren, während die übrigen ihre Treue zu Cîteaux erklärten und damit ihr Engagement für die neue Reform besiegelten. Als Abt von Cîteaux wurde St. Robert zuerst von St. Alberic und dann von St. Stephen Harding abgelöst; zusammen werden diese drei Männer als Gründer des Zisterzienserordens mit einem feierlichen Fest am 26.

Unter der Leitung von St. Alberic wuchs die kleine Gemeinde, baute ihre erste Kirche und begann, die praktischen Details ihrer Lebensweise niederzulegen. Während der Amtszeit von St. Stephen begann das neue Kloster mit einer bemerkenswerten Geschwindigkeit zu wachsen, mit den ersten vier Stiftungen (gemeinhin als „Tochterhäuser“ bezeichnet) in rascher Folge: La Ferté (1113), Pontigny (1114), Clairvaux (1115) und Morimond (1115). Die in Cîteaux eingeleitete Erneuerung des Klosterlebens erweiterte sich bald zu einem ständig wachsenden Netzwerk eng verwandter, aber unabhängiger Klöster im gesamten mittelalterlichen Europa. Der Wunsch, ein starkes Gefühl der Einheit und Solidarität unter den sich ausbreitenden Gemeinschaften zu bewahren, veranlasste die frühen Zisterzienser, eine Charta der brüderlichen Kommunikation zu schaffen, die die Klöster zusammenhalten sollte. Schlüsselmandate der ersten Verfassung mit dem Titel Carta Caritatis („Charta der Nächstenliebe“) verlangten von jedem Zisterzienserabt eine jährliche Inspektion oder „Visitation“ seiner Tochterhäuser sowie eine jährliche Einberufung mit seinen Bruderäbten in Cîteaux für ein „Generalkapitel“, das der Leitung und Förderung dessen gewidmet war, was im Wesentlichen der erste „religiöse Orden“ in der Kirche geworden war. Ein solches Regierungssystem wurde als vielversprechender Weg angesehen, um die Rollen der zentralen und lokalen Behörden in Einklang zu bringen, ein starkes Gefühl der Einheit zu bewahren und gleichzeitig eine gesunde Unabhängigkeit in jedem seiner Klöster zu fördern. Das System wurde so populär, dass das Vierte Laterankonzil (1215), das auf die Zisterzienser als Vorbild hinwies, allen religiösen Institutionen des Zeitalters, die es noch nicht angenommen hatten, die Regierungsgewalt durch ein Generalkapitel auferlegte.