La constitución del año III, que la Convención Nacional había aprobado, colocó el poder ejecutivo en un Directorio de cinco miembros y el poder legislativo en dos cámaras, el Consejo de Ancianos y el Consejo de los Quinientos (llamados juntos el Cuerpo Législatif). Este régimen, una república burguesa, podría haber alcanzado la estabilidad si la guerra no hubiera perpetuado la lucha entre revolucionarios y contrarrevolucionarios en toda Europa. La guerra, además, amargó los antagonismos existentes entre el Directorio y los consejos legislativos en Francia y a menudo dio lugar a otros nuevos. Estas disputas fueron resueltas por golpes de Estado, principalmente los del 18 Fructidor, año V (4 de septiembre de 1797), que eliminó a los realistas del Directorio y de los consejos, y del 18 Brumario, año VIII (9 de noviembre de 1799), en el que Bonaparte abolió el Directorio y se convirtió en el líder de Francia como su «primer cónsul».»

Después de la victoria de Fleurus, el progreso de los ejércitos franceses en Europa había continuado. Renania y Holanda fueron ocupadas, y en 1795 Holanda, Toscana, Prusia y España negociaron la paz. Cuando el ejército francés bajo Bonaparte entró en Italia (1796), Cerdeña llegó rápidamente a un acuerdo. Austria fue la última en ceder (Tratado de Campo Formio, 1797). La mayoría de los países ocupados por los franceses se organizaron como «repúblicas hermanas», con instituciones inspiradas en las de la Francia Revolucionaria.

La paz en el continente europeo, sin embargo, no puso fin a la expansión revolucionaria. La mayoría de los directores habían heredado el deseo girondino de extender la Revolución por Europa y habían escuchado los llamamientos de los jacobinos en el extranjero. Así, las tropas francesas en 1798 y 1799 entraron en Suiza, los Estados Pontificios y Nápoles y establecieron las repúblicas Helvética, Romana y Partenopea. Gran Bretaña, sin embargo, permaneció en guerra con Francia. Incapaz de efectuar un desembarco en Inglaterra, el Directorio, a petición de Bonaparte, decidió amenazar a los británicos en la India ocupando Egipto. Un cuerpo expedicionario bajo Bonaparte ocupó fácilmente Malta y Egipto, pero el escuadrón que lo había transportado fue destruido por la flota de Horatio Nelson en la Batalla del Nilo el 14 de Termidor, año VI (1 de agosto de 1798). Este desastre alentó la formación de una Segunda Coalición de potencias alarmadas por el progreso de la Revolución. Esta coalición de Austria, Rusia, Turquía y Gran Bretaña obtuvo grandes éxitos durante la primavera y el verano de 1799 y expulsó a los ejércitos franceses a las fronteras. Bonaparte regresó entonces a Francia para explotar su propio gran prestigio y el descrédito en el que los reveses militares habían llevado al gobierno. Su golpe de Estado de 18 Brumarios derrocó el Directorio y sustituyó al consulado. Aunque Bonaparte proclamó el fin de la Revolución, él mismo iba a difundirla en nuevas formas por toda Europa.