Antes de que Lutero hablara del sistema sacramental romano como el «Cautiverio Babilónico de la Iglesia», pensadores medievales tardíos ya habían aplicado la descripción al papado de Aviñón del siglo XIV. Desde 1309 hasta 1377, el papa y la curia residieron en la ciudad francesa de Aviñón. Aunque no era raro que los papas residieran fuera de Roma por períodos de tiempo, o incluso en Francia, la decisión de reubicar el papado, la curia y todos los archivos papales de forma permanente no tenía precedentes. En 1305, el francés Clemente V fue elegido a través de la influencia de su país natal después de intensos conflictos entre el papado y el rey francés, Felipe IV. Clemente nunca visitó Roma y después de residir en varias ciudades francesas, finalmente se estableció en Aviñón en 1309. Fue seguido por Juan XXII, cuyo sucesor Benedicto XII construyó el castillo papal en Aviñón, donde el papa y la curia permanecerían hasta el último cuarto de siglo. Urbano V regresó brevemente a Roma en 1367 y Gregorio XI prometió reubicar la curia de vuelta a Roma tras su elección en 1377, pero murió un año después. Fue solo con la elección de Urbano VII en 1378, bajo mucha presión de los italianos que querían que el papado permaneciera allí, que se restableció una línea romana. También daría lugar al Gran cisma Occidental entre las líneas romana y aviñón que duró hasta el Concilio de Constanza (1414-1418).

hubo varias características notables del papado de Aviñón. De los siete papas que residían en Aviñón, todos eran franceses de nacimiento. Del mismo modo, los cardenales franceses nombrados durante este período superaron en número a los de todas las demás naciones de 112 a 22. Bajo Juan XXII, la administración central de seiscientos hombres en Aviñón requirió un elaborado sistema de impuestos para su apoyo que llegó a depender excesivamente de la iglesia francesa. La residencia francesa del papado atrajo mucho escrutinio de varios sectores. La Guerra de los Cien Años entre Inglaterra y Francia comenzó durante este período y los ingleses sospechaban de la alineación política y financiera papal con su enemigo. Los italianos criticaron la ausencia de Roma, especialmente a raíz de la disminución de la base impositiva de los Estados Pontificios, en contraste con la circunscripción francesa más próspera de la que dependía fiscalmente la curia. Los alemanes también estaban en desacuerdo con el papado de Aviñón, que intervino en la política imperial para apoyar su preferencia por el emperador y no eligió a un solo cardenal alemán durante la residencia francesa. Como resultado, las respectivas iglesias territoriales crecieron cada vez más independientes entre sí, tanto en su base financiera como en su administración. Por su propia dependencia material y política de Francia, el papado de Aviñón fue apodado el «Cautiverio Babilónico de la Iglesia» por los críticos.