ristiriidat Ranskan Filip IV: n kanssa
Filip IV torjui tai jopa vastusti Clericis laicosin julkaisemista määräyksellä, joka kielsi kaiken rahan ja arvoesineiden viennin Ranskasta, sekä ulkomaalaisten kauppiaiden karkottamisella. Vaikka nämä toimenpiteet olivat vakava uhka paavin tuloille, ne eivät todennäköisesti yksin olisi pakottaneet Bonifatiusta niihin kauaskantoisiin myönnytyksiin, jotka hänen oli tehtävä Ranskan kuninkaalle vuoden sisällä, myönnytyksiin, jotka olivat vähällä johtaa Clericis laicosin kumoamiseen. Sovintoon pääsemisen välttämättömyys johtui pääasiassa siitä, että Colonna-suvun osa, voimakas paavin vastainen Roomalaisperhe, johon kuului kaksi kardinaalia, kapinoi Bonifatiusta vastaan, mikä huipentui toukokuussa 1297 tapahtuneeseen suuren määrän paavin aarretta ryöstöön. Seurasi vuosi sotatoimia Colonnia vastaan, jotka päättyivät heidän ehdottomaan antautumiseen. Heidät vapautettiin kirkonkirouksesta, mutta heitä ei otettu takaisin virkoihinsa ja omaisuuteensa. Siksi he kapinoivat jälleen ja pakenivat; osa heistä meni Filippoksen luo, jonka kanssa he olivat juonitelleet ehkä jo ennen Clericis laicoksen kysymystä.
Bonifatiuksella näyttää kuitenkin olleen hyvä syy toivoa konfliktin suotuisaa päättymistä, koska Filipin armeija kärsi pian tämän jälkeen tuhoisan tappion flaamilaisten kaupunkilaisten liitolle ja koska Saksan kuningas ja tuleva keisari, Habsburgin Albrekt I, oli valmis luopumaan Ranskan liitostaan, jos paavi tunnustaisi hänen hallintonsa kiistellyn laillisuuden. Tämä tunnustus myönnettiin vuoden 1303 alussa, sillä se korotti ihanteellista ja perinteistä, joskin harvoin toteutunutta, sopusointuista suhdetta paavinistuimen ja Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan välillä. Paavi sanoi nyt, että tällä keisarikunnalla on—paavin äärimmäisen ylivallan alaisuudessa—Ylivalta kaikkiin muihin kuningaskuntiin, myös Ranskaan, nähden.
marraskuussa 1302 Bonifatius oli antanut vielä perusteellisemman julistuksen paavinistuimen asemasta kristillisessä maailmassa, bull Unam sanctamin (”yksi pyhä”), josta on tullut keskiajan kaikista paavillisista asiakirjoista tunnetuin, koska sen väitetään muotoilevan paavin viran sisällön radikaaliksi ja äärimmäiseksi. Härkä kokonaisuutena on todellakin voimakas, mutta ei mikään uusi vetoomus hengellisen ylimmyydestä ajalliseen voimaan nähden. Vanha Gelaasialainen oppi, jonka mukaan molemmat voimat ovat erillisiä ja molemmat ovat Jumalasta, on kuitenkin esitetty selvästi, ja viimeisessä dogmaattisessa lauseessa paavi ei puhu ajallisesta vallasta vaan ihmisluomuksesta paavin vallan runsauden kohteena, jolle alistumisen sanotaan olevan välttämätöntä pelastumiselle.
samaan aikaan Ranskassa Filip IV: n valtaneuvos Guillaume de Nogaret oli ottanut Flotten paikan aktiivisesti paavin vastaisen kuningaspolitiikan johtajana. Filipposta tukivat tässä politiikassa muut paavin viholliset, mukaan lukien legaatti, jonka Bonifatius oli lähettänyt Ranskaan näinä kriittisinä kuukausina ja joka petti isäntänsä, ranskalaisen kardinaalin Jean Lemoinen (Johannes Monachus). Monet perusteettomat syytökset Bonifatiusta vastaan, aina laittomasta pääsystä paavin virkaan kerettiläisyyteen, nostettiin häntä vastaan kuninkaan ja hänen neuvonantajiensa salaisessa kokouksessa, joka pidettiin Louvressa Pariisissa; nämä syytökset oli otettava esille ja tarkennettava myöhemmin Filip IV: n paaviin kohdistaman postuumin oikeudenkäynnin aikana. Pian Louvren kokouksen jälkeen, jossa Nogaret oli vaatinut kirkon yleisneuvostoa tuomitsemaan paavin, Nogaret lähti Italiaan lietsomaan, jos mahdollista, kapinaa paavia vastaan.