ohimenevää nenän ja kurkun kuivumista, ärsytystä, verenvuotoa tai epämiellyttävää makua tai hajua saattaa esiintyä. Nenän väliseinän perforaatiota on raportoitu harvoin. Harvinaisia, mutta paikallisia infektioita nenän ja nielun Candida albicans on raportoitu ja pitkäaikainen käyttö voi lisätä mahdollisuutta kaihi tai glaukooma.

Flunisolidi-nenäsumute imeytyy verenkiertoelimistöön (vereen). Kortikosteroidi nenäsumutteet voivat vaikuttaa hypotalamus-aivolisäke-lisämunuaisen akselin toimintaa ihmisillä. Kun haluttu kliininen vaikutus on saavutettu, ylläpitoannos on pienennettävä pienimpään oireiden hallintaan tarvittavaan määrään, joka voi olla niinkin pieni kuin 1 suihke kumpaankin sieraimeen päivässä. Käyttämällä pienin tehokas annos vähentää mahdollisia sivuvaikutuksia. Suositeltuihin intranasaalisiin kortikosteroidiannoksiin ei yleensä liity systeemisiä haittavaikutuksia.

kortikosteroidit estävät haavan paranemista. Sen vuoksi kortikosteroidia on käytettävä varoen, kunnes tila on parantunut potilailla, joilla on äskettäin esiintynyt nenän väliseinähaavoja, toistuvia nenäverenvuotoja, nenäleikkauksia tai traumoja. Raskauden aikana suositellut intranasaaliset kortikosteroidiannokset ovat turvallisia ja tehokkaita.