Arabiemiirikuntien hallintojärjestelmässä federaation presidentin valitsee elin, joka tunnetaan hallitsijoiden korkeimpana neuvostona. Korkein neuvosto on Arabiemiirikuntien ylin päätöksentekoelin, ja presidentti ja varapresidentti valitaan molemmat sen jäsenyydestä uusittaviksi viisivuotiskausiksi.
korkeimmalla neuvostolla on sekä lainsäädäntö-että toimeenpanovalta. Liittovaltion lakien suunnittelun ja ratifioinnin lisäksi korkein neuvosto hyväksyy presidentin nimittämän pääministerin ja on tarvittaessa valmis hyväksymään hänen eronsa.
pääministerin nimittää presidentti. Sen jälkeen hän nimittää ministerineuvoston eli kabinetin valvomaan liittovaltion politiikan kehittämistä ja toteuttamista kaikissa hallituksen salkuissa.
korkeimman neuvoston ja ministerineuvoston lisäksi myös 40-jäseninen parlamentti, joka tunnetaan nimellä Federal National Council (FNC), tarkastelee ehdotettuja uusia lakeja ja antaa tarvittaessa neuvoja Arabiemiirikuntien hallitukselle. FNC: llä on valtuudet pyytää ja kuulustella ministereitä heidän omasta suorituksestaan, mikä lisää järjestelmän vastuullisuutta. Joulukuussa 2006 FNC: n jäsenet valittiin ensimmäistä kertaa välillisesti. Aiemmin jokaisen emiraatin hallitsijat nimittivät kaikki FNC: n jäsenet.
epäsuorien vaalien käyttöönotto merkitsee alkua prosessille Arabiemiirikuntien hallintojärjestelmän nykyaikaistamiseksi. Näiden uudistusten mukaan yksittäiset hallitsijat valitsevat valitsijamiehet, joiden jäsenten määrä on yhteensä 100-kertainen kyseisen emiraatin FNC: n jäsenten määrään verrattuna. Kunkin kollegion jäsenet valitsevat tämän jälkeen puolet FNC: n jäsenistä, kun taas toinen puoli on edelleen kunkin hallitsijan nimittämä.
viimeisimmät vaalit pidettiin vuonna 2015. Prosessi johti FNC: hen, jonka jäsenistä lähes neljännes on naisia-mukaan lukien järjestön puheenjohtaja, tohtori Amal Al Qubaisi. Naiset toimivat myös liittovaltion kabinetissa, ja heitä nimitetään oikeuslaitoksen virkoihin.
tulevien aloitteiden odotetaan laajentavan FNC: n kokoa ja vahvistavan sen ja ministerineuvoston välistä vuorovaikutusta, jotta Arabiemiirikuntien hallinnon tehokkuutta, vastuuvelvollisuutta ja osallistuvaa luonnetta voidaan edelleen parantaa. Marraskuussa 2008 FNC: n jäsenten toimikautta pidennettiin kahdesta neljään vuoteen, mikä on yhdenmukaisempaa maailman muiden parlamenttien kanssa. Lisäksi hallitus raportoi FNC: lle ehdotetuista kansainvälisistä sopimuksista ja sopimuksista, joista FNC keskustelee ennen niiden ratifiointia.
historiallisesti Arabiemiraattien poliittista ympäristöä on leimannut suuri kiintymys maan johtoa ja hallintoelimiä kohtaan. Tämä on pitkälti vastaus nopeaan kasvuun ja kehitykseen arabiemiirikunnat on kokenut niiden johdolla viime vuosikymmeninä.