Madagaskarilla ei ollut ihmisasukkaita ennen kuin noin 2 500 vuotta sitten, jolloin maahan tuli siirtolaisia, todennäköisesti Indonesiasta Itä-Afrikan rannikon kautta. Tämä muuttoaalto jatkui ainakin 1000 vuotta, ja maahan virtasi myös afrikkalaisia kansoja. Afrikasta, Arabiasta ja Persianlahdelta sekä paljon myöhemmin Euroopasta, Intiasta ja Kiinasta tulleet uudet siirtolaiset eivät juuri muuta kuin täydentäneet täysin vakiintunutta väestöä.
varhaisimmat Madagaskarin kielen kirjoitetut historiat ovat sorabe, jonka kielessä käytetään arabialaista kirjaimistoa. Portugalilainen laiva havaitsi saaren ja purjehti rannikkoa pitkin vuonna 1500. Portugalilaiset nimesivät saaren Madagaskariksi vuonna 1502 Marco Polon alun perin ilmoittaman samannimisen saaren mukaan. 1500-ja 1600-luvuilla portugalilaiset, britit, hollantilaiset ja ranskalaiset yrittivät perustaa siirtokuntia. Kaikki nämä yritykset epäonnistuivat, ja Madagaskarista tuli uteliaalla Sainte Mariella asuvien merirosvojen piilopaikka, ja he menivät naimisiin Madagaskarien kanssa.
itse Madagaskarilaisten keskuuteen ilmaantui kolme pääkuningaskuntaa: merinan keskusylängöllä, Sakalavan lännessä ja betsimisarakan idässä. Kuningas Andrianampoinimerinan (k.1787-1810) aikana luotiin perusta Merinan kuningaskunnan ensisijaisuudelle.
Andrianampoinimerinaa seurasi vuonna 1810 hänen poikansa Radama I, jonka johdolla Merinan kuningaskunta laajensi valtaansa saaren suuriin osiin (erityisesti betsimisarakan kuningaskuntaan ja eteläosiin). Radama toivotti eurooppalaiset tervetulleiksi auttamaan valtakunnan modernisoinnissa ja edistämään valloituksiaan. Radaman kuoltua vuonna 1828 häntä seurasi hänen vaimonsa Ranavalona I, jonka vihamielisyys miehensä valtakauden uudistuksia kohtaan johti Madagaskarin kristittyjen vainoon ja lopulta eurooppalaisten karkottamiseen englantilais-ranskalaisen toamasinan pommituksen jälkeen vuonna 1845.
äitinsä seuraajaksi vuonna 1861 noussut Radama II oli myötämielinen ranskalaisia kohtaan, mutta hänet murhattiin vuonna 1863. Pian tämän jälkeen hallituksen johtoon nousi Rainilaiarivony, josta oli määrä tulla pääministeri ja kolmen perättäisen kuningattaren puoliso. Madagaskarin itsenäisyyden kolme viimeistä vuosikymmentä 1800-luvulla leimasivat innovaatiota vastustavien jatkuvat yritykset heikentää pääministerin arvovaltaa. Siksi hän hidasti modernisaatiota ja yritti säilyttää itsenäisyyden etsimällä brittien ystävyyttä ranskalaisia vastaan. Jälkimmäinen väitti protektoraatti yli osia Sakalava kuningaskunnan nojalla sopimusten tehty vuonna 1840, ja kiistat tämän vaatimuksen ja yli Ranskan omaisuutta saarella johti sotaan vuonna 1883, joka päättyi vuonna 1885 sopimuksella, jossa Ranska valvoa Merina ulkopolitiikan.
britit tunnustivat Ranskan aseman vuonna 1890 solmitun englantilais-ranskalaisen sopimuksen ehdoilla vastineeksi siitä, että Ranska tunnusti Sansibarin brittiläisen protektoraatin. Tämä vaihto raivasi tietä Madagaskarin liittämiselle Ranskaan vuonna 1896. Madagaskarien vastarinta varsinkin etelässä kukistui lopullisesti kuitenkin vasta vuonna 1904. Kenraali Joseph Gallieni, kenraalikuvernööri 1896-1905, avasi ensimmäiset hallituksen koulut (tähän asti kaikki koulut olivat olleet lähetystöjen käsissä), perusti ilmaisen lääkäripalvelun Malagassille, kannusti malagassin kielen ja tapojen opiskelua luomalla malagassin Akatemian (Académie Malgache) ja otti käyttöön uusia trooppisia viljelykasveja taloudellisen kehityksen edistämiseksi. Hänen politiikkansa vaikutus säilyi merkittävänä toisen maailmansodan loppuun saakka. Hänen seuraajansa, siirtomaavirkamiehet, kamppailivat talouskasvun puolesta, mutta ensimmäinen maailmansota, sitä seuranneet Ranskan talousvaikeudet ja 1930-luvun pitkittynyt lama yhdessä helposti hyödynnettävien luonnonvarojen puuttumisen, Madagaskarin etääntymisen päämarkkinoistaan ja työvoimapulan kanssa estivät heidän ponnistelunsa.
toisen maailmansodan aikana Vichyn ranskalaiset säilyttivät Madagaskarin hallinnan, kunnes brittiläiset joukot miehittivät sen vuonna 1942 estääkseen sen laivasto-osastojen pääsyn Japanilaisten käyttöön. Vuonna 1943 Ranskan hallinto palautettiin kenraali de Gaullen Vapaan Ranskan hallituksen aikana. Madagaskarista tuli Ranskan merentakainen alue vuonna 1946. Kaikista Madagaskareista tuli siten Ranskan kansalaisia, mutta vain rajalliselle joukolle myönnettiin toimilupa (lähinnä niille, joilla oli jonkin verran koulutusta tai kokemusta eurooppalaisista tavoista Ranskan valtionhallinnossa tai asevoimissa). Perustettiin alueellinen edustajakokous, joka valvoi jonkin verran budjettia. Se koostui kokonaan maakunnallisten edustajakokousten välillisesti valitsemista jäsenistä. Viimeksi mainitut olivat kokonaan vaaleilla valittuja elimiä, mutta niissä oli erilliset valitsijamiehet (ja erilliset paikat) metropoliaseman omaaville Ranskan kansalaisille (mukaan lukien eurooppalaiset, Réunionnaiset ja jotkut madagaskarilaiset, joille annettiin tällainen asema) ja Madagaskarilaisille, joilla oli paikallinen asema. Vaikka jälkimmäisellä oli enemmistö paikoista sekä maakunnallisissa että territoriaalisissa edustajakokouksissa, metropoliittaäänestäjien paikkamäärä oli suhteettomin sen lukumääräiseen vahvuuteen nähden. Nationalistit tuomitsivat tämän järjestelmän, sillä he olivat varmistaneet enemmistön Madagaskarin paikoista alueparlamentissa sekä kolme Madagaskarin paikkaa Ranskan kansalliskokouksessa.
maaliskuussa 1947 puhkesi kapina, ja ranskalaiset menettivät joksikin aikaa hallintansa itärannikolla. Eurooppalaisia ja lojaaleja Madagaskarilaisia murhattiin ja teitä katkottiin. Kapinan tukahduttaminen vaati huomattavia joukkoja ja kesti yli vuoden. Kuolonuhrien määräksi arvioitiin 11 000. Kapina ja sitä seuranneet sortotoimet häiritsivät kansallismielistä liikettä, mutta sitä ei tuhottu. Vuonna 1956 alkanut uudistuskausi johti kaksoisäänestäjäjärjestelmän lakkauttamiseen, asetti Madagaskarin tärkeisiin hallitustehtäviin ja johti vakavan poliittisen toiminnan uudelleensyntymiseen.
Ranskan vallan loppu
28.syyskuuta 1958 pidetyssä kansanäänestyksessä Madagaskar äänesti ylivoimaisesti Ranskan uuden perustuslain puolesta ja siitä tuli autonominen tasavalta Uuden Ranskan yhteisössä. Madagaskarista tuli itsenäinen valtio 26. kesäkuuta 1960 ja 20. syyskuuta 1960 se valittiin YK: n jäseneksi.
lokakuussa 1958 hyväksytty ja kesäkuussa 1960 muutettu perustuslaki takasi Madagaskarille vahvan presidentillisen hallitusmuodon. Presidentti Philibert Tsiranana pysyi vallassa toukokuuhun 1972 asti, jolloin eri puolilla Madagaskaria puhkesi mellakoita. Mielenosoituksia johti nationalistinen, vasemmistolainen opiskelijoiden, opettajien, työläisten ja kaupunkien työttömien koalitio. Mielenosoituksia seuranneet sortotoimet johtivat Tsirananan hallituksen kaatumiseen 18. Moos. Gabriel Ramanantsoa pyydettiin välittömästi muodostamaan epäpoliittinen ”kansallisen yhtenäisyyden hallitus”, joka koostui 11 ministeristä (5 sotilaasta ja 6 siviilistä). Ramanantsoa tuhosi koalition tehokkaasti nostamalla minimipalkkoja, tarjoamalla lakkopalkkaa, mitätöimällä pää-ja karjaverot, syyttämällä korruptoituneita virkamiehiä sekä ottamalla käyttöön hinta-ja valuuttakontrollit. Uusi hallitus katkaisi myös diplomaattiset siteet Etelä-Afrikkaan, solmi suhteet kommunistiseen blokkiin, vetäytyi frangivyöhykkeeltä ja järjesti Ranskan asevoimien vetäytymisen uusien yhteistyösopimusten nojalla Ranskan kanssa.
5.helmikuuta 1975, sosiaalisten ja etnisten levottomuuksien jälkeen, Ramanantsoan korvasi valtionpäämies eversti Richard Ratsimandrava, joka murhattiin vallankaappausyrityksessä kuusi päivää myöhemmin. Heti muodostettiin 18 upseerista koostuva sotilasdirektoraatti, joka otti itselleen kaiken hallituksen vallan. Direktorion syrjäytti 13. kesäkuuta vallankumouksen korkein neuvosto, jota johti Ramanantsoan hallituksessa ulkoasiainministerinä toiminut Didier Ratsiraka.
joulukuussa 1975 95% äänestäjistä hyväksyi perustuslakiluonnoksen kansanäänestyksessä ja julistettiin toinen Madagaskarin tasavalta, jota kutsuttiin Madagaskarin demokraattiseksi tasavallaksi. Ratsiraka asetettiin presidentin virkaan 4. tammikuuta 1976, jolloin hän pysyi valtionpäämiehenä.
Uusi hallinto kiihdytti talouden kasvavaa valtion kontrollia, ja Madagaskar kääntyi entisen Neuvostoliiton ja Korean demokraattisen kansantasavallan puoleen saadakseen sotilaallista apua. Vuoteen 1979 mennessä kasvavat talousvaikeudet pakottivat kuitenkin Ratsirakan luomaan tiiviimmät suhteet länteen. Työttömyys, inflaatio ja peruselintarvikkeiden niukkuus aiheuttivat vakavia mellakoita ja yhteiskunnallisia levottomuuksia 1980-luvun alussa. Ratsiraka valittiin uudelle presidenttikaudelle 7.marraskuuta 1982. Vuosina 1986-87 hallitusta ravistelivat opiskelijamielenosoitukset koulutusuudistuksia vastaan, mellakat toamasinan satamassa, hyökkäykset Indo-pakistanilaisia yrityksiä vastaan neljässä suuressa kaupunkikeskuksessa sekä nälänhätä etelässä ruokahuoltoon liittyvien ongelmien vuoksi. Vuoden 1987 alussa hallituskoalitio näytti hajoavan. Vappuaattona neljä puoluetta vaati hallituksen eroa ja ennenaikaisia vaaleja.
Demokratisoituminen pääsi valloilleen
heinäkuussa 1992 seitsemän viikkoa kestäneiden demokratiamielenosoitusten jälkeen Ratsiraka suostui lopulta hajottamaan hallituksen ja aloittamaan neuvottelut opposition kanssa. Hän myös tarjoutui järjestämään kansanäänestyksen uudesta perustuslaista vuoden 1992 loppuun mennessä. Vaikka Ratsiraka torjui mielenosoittajien vaatimukset hänen erostaan, hän vapautti vastustajana tunnetun Albert Zafyn ja tarjoutui muodostamaan koalitiohallituksen oppositiojohtajien kanssa. Mielenosoitukset jatkuivat, ja hallituksen joukot tulittivat mielenosoittajia Antananarivossa tappaen jopa 50. Elokuussa Ratsiraka pyysi pääministeriään Guy Willy Razanamasya muodostamaan uuden hallituksen ja ” asentamaan demokratian.”Marraskuuhun mennessä Ratsiraka suostui jakamaan vallan tärkeimmän kilpailijansa Zafyn johtaman väliaikaishallituksen kanssa. Ratsirakan vallankumouksellinen korkein neuvosto luopui vallasta.
demokratisoitumisprosessi selvisi 29.heinäkuuta 1992 tapahtuneesta vallankaappausyrityksestä, jota johti Elinehtokomiteana tunnettu aktiivien ryhmittymä. 19. elokuuta 1992 uusi perustuslaki hyväksyttiin kansallisessa kansanäänestyksessä. Ratsirakan kannattajat
sekaantui äänestykseen ja tavoitteli laajempaa maakunnallista itsehallintoa. Sisämaan kansat, erityisesti Merinalaiset, tukivat kuitenkin voimakkaasti uutta perustuslakia. Tätä seurasi 25.marraskuuta presidentinvaali, jota ulkomaisten tarkkailijoiden ryhmä piti vapaina ja oikeudenmukaisina. Zafy voitti Ratsirakan, mutta ilman ehdotonta enemmistöä. 10. helmikuuta 1993 pidetyissä vaaleissa Zafy sai 67% äänistä ja Ratsiraka 33%. Presidentti asetettiin virkaansa maaliskuussa keskellä väkivaltaisia yhteenottoja Ratsirakan kannattajien ja hallituksen joukkojen välillä.
uuden kansalliskokouksen parlamenttivaalit järjestettiin kesäkuussa 1993. Kaksikymmentäviisi puoluetta voitti edustuksen zafyn Forces Vives (FV) ottaen suurimman blokin paikkoja—48. Kahdeksan puoluetta sai yli viisi paikkaa. Kansalliskokous valitsi pääministeriksi Francisque Ravonyn äänin 55 puolesta 45 vastaan Roger Rallisonin (FV) ja 35 vastaan entisen maolaisen johtajan Manandagy Rakotonirinan.
kunnalliset (territoriaaliset) vaalit, ensimmäinen askel senaatin luomisessa, järjestettiin marraskuussa 1995, mutta presidentti Zafyn päivä auringossa jäi lyhytaikaiseksi. Hänet asetettiin virkasyytteeseen syyskuussa 1995, minkä jälkeen Ratsiraka voitti hänet kilpailluissa vaaleissa joulukuussa 1996. Helmikuuta 1997 Ratsirakasta tuli toinen Afrikan valtionpäämies Beniniläisen Mathieu Kérékoun jälkeen, joka hävisi ja lunasti presidenttiyden kilpailullisilla vaaleilla.
vuoden 1992 perustuslain laaja uudistus hyväksyttiin täpärästi maaliskuussa 1998 pidetyssä kansanäänestyksessä. Kansainväliset tarkkailijat pitivät kansanäänestyksen järjestämistä yleisesti vapaana ja oikeudenmukaisena, mutta äänestäjälistojen laatimiseen, vaalikorttien jakamiseen ja muihin kysymyksiin liittyvät ongelmat johtivat syytöksiin petoksesta ja manipuloinnista. Tarkistettu perustuslaki vähensi valvontaa ja vahvisti presidentin asemaa kansalliskokouksen kustannuksella. Toukokuussa 1998 pidetyt parlamenttivaalit olivat yleensä vapaat ja oikeudenmukaiset, mutta vaalivilpistä esitettiin uskottavia valituksia. Marraskuussa 1999 kunnallisvaaleissa valittiin 1 392 pormestaripaikkaa ja 20 000 valtuustopaikkaa.
senaatti kokoontui uudelleen 29 vuoden tauon jälkeen toukokuussa 2001. Kriisi kuitenkin puhkesi 16.joulukuuta 2001 pidettyjen presidentinvaalien jälkeen, kun haastaja Marc Ravalomanana väitti voittaneensa vaalit suoralta kädeltä istuvan Didier Ratsirakan kustannuksella, mikä poisti ehdokkuuden tarpeen. Virallisissa tuloksissa Ravalomanana sai 46,2%, mikä pakotti hänet karkumatkalle Ratsirakan kanssa (40,9%). Albert Zafy (Rasalama) väitti 5,4%, Herizo Razafimahaleo 4,2%, D. Rajakoba 1,8% ja P. Rajaonary 1,6%. Ratsirakan kieltäydyttyä eroamasta Ravalomanana ja hänen tukijansa ryhtyivät lakkoihin ja protesteihin, jotka huipentuivat Ravalomananan puheenjohtajakisaan helmikuussa 2002. Läänityksestään Toamasinasta käsin Ratsiraka komensi asevoimiaan piirittämään pääkaupunkia räjäyttäen tärkeitä siltoja ja katkaisten peruselintarvikkeet ja muut kriittiset tarvikkeet. Väkivaltaisuuksissa kuoli yli 70 ihmistä. Ravalomananan tunnustaminen Yhdysvalloissa kesäkuussa 2002 seurasi hänen hallituksensa kansainvälistä hyväksyntää, mikä pakotti Ratsirakan heinäkuussa 2002 lähtemään maanpakoon Ranskaan päättäen seitsemän kuukautta kestäneen poliittisen ja taloudellisen kaaoksen maassa.