Suolajärven ympäristössä ei ole asutusta, mutta siellä on jonkin verran paimentolaisuutta ja jonkin verran kausiviljelyä. Suolapitoisuustasapainoa uhkaavat lisääntyneet siltausvirrat, jotka johtuvat Natron-vesistöihin suunniteltujen Hakkuiden lisäämisestä ja Keniaan rajan yli ewaso ng ’ Iron-joelle suunnitellusta vesivoimalasta. Vaikka kehittämissuunnitelmiin kuuluu, että järven pohjoispäähän rakennetaan pato makeanveden hillitsemiseksi, voi tämän kasvualustan laimentumisuhka silti olla vakava. Muodollista suojaa ei ole.
uusi uhka Natronjärvelle on ehdotettu soodavesilaitoksen rakentamista sen rannoille. Tehdas pumppaisi järvestä vettä ja uuttaisi natriumkarbonaattia muutettavaksi pesujauheeksi vientiin. Voimalan yhteyteen rakennettaisiin asuntoja yli 1000 työntekijälle sekä hiilivoimala, joka tuottaisi energiaa voimalakompleksille. Lisäksi on mahdollista, että kehittäjät voivat ottaa käyttöön Hybridi suolaliemikatkarapu tehostaa uuttamista.
RSPB: n Afrikan kansainvälisen upseerin Chris Maginin mukaan ”pienflamingojen mahdollisuus jatkaa pesintää sellainen sekasorto on nollan tuntumassa. Tämä kehitys jättää Itä-Afrikan vähäflamingot sukupuuton partaalle”. 75 prosenttia maailman pikkuflamingoista syntyy Natronjärvellä. Tällä hetkellä yli viidenkymmenen itäafrikkalaisen luonnonsuojelu-ja ympäristöinstituutin ryhmä käy maailmanlaajuista kampanjaa, jonka tarkoituksena on estää Tata Chemicals Ltd: n Mumbaissa Intiassa ja National Development Corporation of Tanzaniassa suunnittelema soodatehtaan rakentaminen. Sateenvarjonimellä Lake Natron Consultative Group työskentelevää ryhmää koordinoi BirdLife Internationalin Afrikan sihteeristön suojeluohjelman päällikkö Ken Mwathe.
kesäkuussa 2008 annetun tiedonannon mukaan Tata Chemicals ei jatka Natron-hankkeen parissa, ja hankkeen uudelleentarkasteluun sovelletaan Ramsarin Kosteikkosuunnitelmaa, joka on parhaillaan valmisteilla.
ainutlaatuisen luonnon monimuotoisuuden vuoksi Tansania nimesi Natronjärven Ramsarin kansainvälisesti merkittävien kosteikkojen luetteloon 4.heinäkuuta 2001. Järvi on myös Maailman luonnonsäätiön Itä-Afrikan halophytics-ekoalue.